長浜バイオ大学 バイオサイエンス学部 構造生物学研究室 高速グラフマッチによるドラッグ分子の構造比較と分類 ■ 研究テーマ タンパク質超分子構造モデリングと構造創薬(SBDD)を支援するバイオインフォマティクス技術 の開発 ■ キーワード 構造創薬(SBDD)、構造バイオインフォマティクス、タンパク質-リガンド相互作用 ■ 内容 構造創薬(SBDD)はタンパク質に相互作用するドラ ッグ分子の構造設計を、コンピュータを用いて行い ます。様々なドラッグ分子を、立体構造ベースで比 較し分類する為には、グラフマッチアルゴリズムが 必要です。 我々の開発した高速グラフマッチアルゴリズム COMPLIG は、ドラッグ分子の構造比較を高速に行う ことが可能です。具体的には図に示す様に、構造の 類似したドラッグ間で対応する原子を特定する原 子アライメント、およびドラッグの立体構造の重ね 合わせが可能になります。これらの情報は、整理活 性の類似したドラッグの有効部分構造を特定し、構 造改変を計画する際に必要になります。また、この 情報を使って大量のドラッグ分子構造をクラスタ ー分類することも可能です。 この方法は、ドラッグ分子に限らずグラフ(点と 線)で表現されるデータ構造一般に応用することが できます。 ■ 考えられる応用範囲 1) このアルゴリズムを利用した創 薬支援アプリケーションの開発 2) このアルゴリズムにより構造分 類されたドラッグなどの付加価 値データベース開発 3) 一般にグラフ化可能データを比 較分類するアプリケーションの 開発 など しらい つよし 名前 白井 剛 職名 教授 主な経歴：名古屋大学 博士(理 学) 名古屋大学工学部、生物 分子工学研究所など 所属学会：タンパク質科学会、バ イオインフォマティクス 学会、生物物理学会 ここで紹介したアル ゴリズムは、創薬等 支援技術基盤プラッ トフォーム事業によ り高度化を進めてお り、我々のチームで はタンパク質などの 分子モデリング一般 について、研究支援を行うことが 可能です。詳しくは以下の HP をご 覧ください。 http://pford.jp/ 特許・共同研究等の状況 特願 2010-31526、 PCT 出願 PCT/JP2011/053280 希望する連携形態 ライセンス供与、共同研究開発など、形態は問いません 希望提携業種 IT 企業、製薬企業など 【お問い合せ先】 関西文理総合学園 長浜バイオ大学 研究推進機構事務室 マネージャー 堀 伸明 Tel 0749-64-8133、Fax 0749-64-8140 E-mail：[email protected] HP：http://www.nagahama-i-bio.ac.jp/
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