La biologia è lo studio scientifico della vita e delle diverse forme viventi Negli ultimi decenni enorme sviluppo di questa disciplina Importanti ricadute su settori come medicina, agricoltura, rapporti sociali, psicologia, scienze forensi, etc Forte impatto sulla cultura e su vita quotidiana Malgrado l’enorme biodiversità, esistono alcune proprietà comuni a tutti gli esseri viventi • Ordine (esistenza di strutture ordinate) • “Progetto” interno • • Regolazione (dell’ambiente interno) Crescita e sviluppo (ogni organismo segue un modello caratteristico della propria specie); • • • • Uso di energia (per le funzioni vitali) Risposta all’ambiente (o irritabilità) Capacità di riprodursi Evoluzione La vita ha un’organizzazione gerarchica in cui ogni livello strutturale ha come base quello sottostante – La gerarchia parte dalle molecole per arrivare agli ecosistemi. Livello di ecosistema foresta pluviale Un ecosistema è costituito dall’insieme di tutti gli organismi che vivono in una particolare area e dalle componenti fisiche non viventi dell’ambiente (aria, suolo, luce solare). L’ecosistema è il maggiore dei livelli strutturali in cui è organizzata la vita. Livello di comunità tutti gli organismi della foresta pluviale Livello di popolazione gruppo di volpi volanti Livello di sistema sistema nervoso Livello di organo cervello Al di sotto del livello di ecosistema vi è quello della comunità. Una comunità è costituita dall’insieme di tutti gli organismi che vivono in un ecosistema. Livello di tessuto tessuto nervoso Livello di cellula cellula nervosa Livello di molecola molecola di DNA Sotto il livello di comunità abbiamo la popolazione, costituita da un gruppo localizzato di individui di una stessa specie in grado di incrociarsi tra loro. Sotto la popolazione c’è l’organismo. Un organismo è una singola entità vivente. Al di sotto del livello di organismo, l’organizzazione gerarchica della vita prosegue con: sistemi (o apparati); organi; tessuti; cellule; molecole. Le cellule sono le unità strutturali e funzionali di cui sono costituiti i viventi. La cellula è l’unità fondamentale della vita. È infatti la struttura più semplice in grado di compiere tutte le attività richieste per la vita. •Possiamo distinguere due tipi di cellule: – cellule eucariotiche: contengono organuli racchiusi in membrane, tra i quali un nucleo che contiene il DNA cellulare. – cellule procariotiche: prive di questo tipo di organuli e di compartimentalizzazione membranosa, meno complesse, in genere di dimensioni inferiori. Cellula eucariotica animale Nelle cellule eucariotiche si evidenziano le compartimentalizzazioni I due tipi cellulari, pur mostrando notevole differenza di complessità strutturale, condividono le stesse basi molecolari: entrambe usano il DNA come materiale chimico per costituire i geni, le unità discrete dell’informazione ereditaria. A Le molecole di DNA contengono l’informazione genetica per costruire le molecole che costituiscono cellule e organismi. Il DNA si trova in tutte le cellule e l’informazione genetica è codificata nello stesso modo in tutti gli organismi. Gli aspetti caratteristici di ogni specie (e di ogni individuo) sono cofidicati dalle sequenza dei nucleotidi, i quattro tipi di «mattoni» chimici che costituiscono le due catene elicoidali di DNA. C T A T A C C G T A G T A Gli organismi e i loro ambienti formano reti interconnesse Ogni organismo interagisce con l’ambiente in cui vive formando una rete complessa di relazioni che collegano gli esseri viventi al loro ambiente. Gli ecosistemi cono caratterizzati da: -Flusso di materia: trasferimento delle sostanze nutritive chimiche dall’atmosfera e dal suolo, ai produttori, ai consumatori, ai decompositori e indietro all’ambiente (riciclo). - Flusso di energia: gli ecosistemi ricevono energia dal sole e la trasformano in energia chimica; parte di essa viene infine dispersa nell’ambiente (come calore) (flusso a senso unico). Sole Atmosfera Apporto di energia luminosa O2 CO2 CO2 Energia chimica Produttori Riciclaggio degli elementi chimici nutritivi Consumatori Decompositori H2O Suolo Ecosistema Dispersione di energia sotto forma di calore Le forme di vita si possono classificare in 3 domini tre grandi categorie tassonomiche : Protista Fungi SEM 25 000´ Eubacteria SEM 3250´ •Eubacteria (eubatteri) procarioti •Archeabacteria (archebatteri o archei); •Eukarya, il dominio degli eucarioti, suddiviso nei 4 regni dei protisti,funghi, piante animali. Archebacteria Plantae Animalia Proteine di organismi diversissimi, ma con funzione corrispondente, sono molto simili Es proteina di controllo del ciclo cellulare di lievito e umana Geni quasi identici controllano le stesse caratteristiche Es mutazione su gene kità macchia bianca sulla fronte L’evoluzione spiega unitarietà e diversità della vita C’è una sorprendente unità soprattutto nei livelli gerarchici più bassi dell’organizzazione biologica (es DNA e codice genetico, sistemi biochimici, etc). Unità e diversità si spiegano con l’evoluzione: la vita evolve di continuo e tutti gli organismi sono imparentati tra loro Il naturalista inglese Charles Darwin pubblicò uno dei libri più importanti e controversi mai scritti (L’origine delle specie per selezione naturale) in cui propose la teoria della selezione naturale. La selezione naturale è un meccanismo di «rielaborazione» che si verifica quando le popolazioni o gli organismi, con variazioni ereditabili, vengono esposti a fattori ambientali che favoriscono il processo riproduttivo di alcuni individui rispetto ad altri. (1) Popolazione con varie caratteristiche ereditarie 1 (2) Eliminazione degli individui con certe caratteristiche 2 (3) Riproduzione degli organismi sopravvissuti 3 Tutti gli organismi possiedono adattamenti, cioè caratteristiche che si sono evolute mediate la selezione naturale. Orca Pangolino Esiste anche la selezione artificiale, operata dall’uomo: es. razze canine, varietà di ortaggi… La base chimica della vita La vita richiede circa 25 elementi chimici (su un totale di 92 in natura) che possono combinarsi tra loro per formare composti Per la vita sono fondamentali circa 25 differenti elementi chimici :sostanze che non possono essere scomposte in altre sostanze mediante mezzi chimici tradizionali. Ossigeno, carbonio, idrogeno, e azoto sono i 4 elementi fondamentali per costruire la maggior parte della materia vivente Gli elementi in tracce (oligoelementi) sono essenziali almeno per alcuni organismi, ma in minime quantità. Certi oligoelementi, come il Fe, sono indispensabili per tutte le forme di vita, mentre altri lo sono solo per alcune specie. Carenze alimentari in alcuni oligoelementi possono causare diverse condizioni patologiche. Il fluoro sottoforma di fluoruro, aiuta a prevenire la carie interagendo con i batteri che la causano. Una carenza di iodio impedisce il normale funzionamento della ghiandola tiroide, provocandone l’ingrossamento (gozzo). Gli elementi chimici possono combinarsi insieme per formare i composti. Un composto è una sostanza costituita da più elementi combinati secondo un rapporto fisso. Sodio Cloro Cloruro di sodio L’atomo (dal greco àtomos: «indivisibile») è la più piccola unità di materia che conserva le proprietà di un elemento Un atomo è costituito da protoni e neutroni situati in un nucleo centrale. Il nucleo è circondato da elettroni organizzati in gusci elettronici. – – + + 2e– + + Nuvola elettronica Nucleo 2 + Protoni 2 Neutroni Nuvola elettronica 6e– ++ Numero di massa = 4 2 – Elettroni Gli atomi di ciascun elemento sono caratterizzati da uno specifico numero di protoni, che rappresenta il numero atomico. Nucleo 6 + Protoni 6 Neutroni 6 – Elettroni Numero di massa = 12 Isotopi – Il numero di neutroni in un atomo può variare. – Alcuni elementi presentano forme diverse di atomi dette isotopi. – Alcuni isotopi sono radioattivi (nucleo instabile emette energia) I biologi spesso usano i traccianti radioattivi per seguire le trasformazioni chimiche subite dalle molecole negli organismi. Spesso usati nella diagnostica medica in combinazione con sofisticate strumentazioni per la realizzare immagini. • La configurazione elettronica di un atomo ne determina le proprietà chimiche •Gli elettroni in un atomo si dispongono in gusci elettronici che possono contenere numeri diversi di elettroni. Guscio elettronico più esterno (può contenere fino a 8 elettroni) Guscio elettronico più interno (può contenere fino a 2 elettroni) Elettrone Idrogeno (H) Numero atomico = 1 Carbonio (C) Numero atomico = 6 Azoto (N) Numero atomico = 7 Ossigeno (O) Numero atomico = 8 – Quando 2 atomi con un guscio elettronico incompleto reagiscono, ciascuno di essi mette in comune (cede oppure riceve) elettroni, in modo da occuparlo completamente. – Queste interazioni solitamente fanno sì che gli atomi vengano tenuti insieme da forze di attrazione chiamate legami chimici. 2 tipi fondamentali di legame chimico Il legame ionico è l’interazione che si stabilisce tra ioni di carica opposta Quando gli atomi cedono o ricevono elettroni si creano atomi carichi cioè ioni. – Trasferimento di elettroni – + Na Cl Na Atomo di sodio Cl Atomo di cloro Na Na+ Ione sodio – Cl Cl– Ione cloro Cloruro di sodio (NaCl) Na+ Cl – Si forma un solido con struttura cristallina Nel legame covalente due atomi mettono in comune una o più coppie di elettroni poste sui livelli energetici più esterni, formando molecole. Le molecole possono essere rappresentate in molti modi. 2 H2 O2 2 H2O polarità L’acqua è fondamentale per la vita. le caratteristiche chimiche dell’H2O spiegano proprietà biologiche importanti La molecola dell’acqua è polare (una molecola è non polare quando i suoi atomi legati da legame covalente condividono gli elettroni equamente). legame covalente polare →condivisione degli elettroni tra gli atomi è asimmetrica → si crea una molecola polare La polarità della molecola dell’acqua consente la formazione del legame idrogeno Legame (–) idrogeno (+) H (+) O (–) (–) (+) H (+ ) (–) (–) (–) O H (+) H (+) Polarità e presenza di legami idrogeno determinano: •Coesione→trasporto radici-foglie •Tensione superficiale •Elevata capacità termica (H2O immagazzina e rilascia elevate quantità di calore, con minime variazioni di T) •→ funzione mitigatrice di oceani e acque superficiali e resistenza a cambiamenti termici; • →sudorazione come mecc. di raffreddamento Legame idrogeno Acqua allo stato liquido I legami idrogeno si spezzano e si formano continuamente Ghiaccio I legami idrogeno sono stabili Il ghiaccio è meno denso dell’acqua allo stato liquido nel ghiaccio ↑N di legami idrogeno →molecole tenute insieme in modo meno denso che nell’acqua allo stato liquido. (Il ghiaccio galleggia, proteggendo i laghi e gli oceani dal congelamento) Na+ Cl – Ioni in soluzione – Na+ + Cl– – + + – – + + – – – + – – + – Cristallo di sale L’acqua è un solvente versatile I soluti polari o carichi si sciolgono quando le molecole d’acqua li circondano, formando soluzioni acquose. Molecole idrofiliche: solubili in acqua Molecole idrofobiche: insolubili in acqua perchè apolari e prive di carica - sono escluse dal legame con l’acqua e quindi “costrette” ad associazioni apolari tra loro La chimica della vita è influenzata dall’acidità e dalla basicità H2O↔ H+ + OH- L’acidità è misurata sulla scala del pH che va da 0 (massima acidità) a 14 (massima basicità). Ogni unità di pH corrisponde ad un cambiamento di dieci volte nella concentrazione di ioni H+ Il pH della maggior parte delle cellule è tenuto vicino a 7 (neutro) dalle sostanze tampone che contrastano i cambiamenti di pH H+ Scala del pH 0 1 H+ H+ OH– H+ OH– H+ H+ H+ H+ Soluzione acida OH– OH– OH– H+ H+ – OH– OH + H H+ H+ Soluzione neutra OH– OH– H+ OH– OH– OH– – OH H+ OH– Soluzione basica ACIDITÀ in aumento Un composto chimico che cede ioni H+ a una soluzione è un acido. Un composto che è in grado di accettare ioni H+ rimuovendoli da una soluzione è una base. NEUTRALITÀ [H+]=[OH–] 2 Succo di limone, succhi gastrici 3 Succo di pompelmo 4 Succo di pomodoro 5 6 Urina 7 Acqua pura Sangue umano 8 BASICITÀ in aumento L’acqua si dissocia Acqua di mare 9 10 Bicarbonato 11 12 13 14 Ammoniaca per uso domestico Candeggina per uso domestico Schiuma detergente per forni Acqua Le cellule sono formate da acqua e da molecole organiche cioè contenenti CARBONIO Formula di struttura Modello a sferette e bastoncini H H H C Modello a spazio pieno H H Metano H C H H I quattro legami semplici del carbonio determinano i vertici di un tetraedro Un atomo di C può formare 4 legami covalenti. Questi legami gli permettono di formare composti organici con scheletri carboniosi vari per lunghezza e ramificazione (grandi molecole, molto diverse tra loro). In questi composti Il C lega C, H, O ed N. I gruppi funzionali determinano le caratteristiche chimiche dei composti organici In una molecola organica, i gruppi funzionali sono gruppi di atomi che partecipano alle reazioni chimiche e che conferiscono proprietà particolari Le 4 classi principali di molecole biologiche sono: carboidrati, lipidi, proteine e acidi nucleici Molte molecole biologiche sono ”gigantesche” (dal pv molecolare) Sono polimeri= unione di monomeri H OH Breve polimero Condensazione H O H Monomero isolato H Sintesi di polimeri per condensazione di monomeri H2 O H2 O O H H Polimero più lungo Degradazione di polimeri per idrolisi le molecole di acqua rompono legami tra monomeri OH Idrolisi H OH H OH Carboidrati Sono molecole polari con funzione energetica e/o strutturale I monomeri costituenti i carboidrati sono i monosaccaridi o carboidrati semplici C Miele= miscela di 2 zuccheri semplic:i Glu e Fru H O H H C O H H C OH HO C H H C OH H C O H H C OH H C OH C OH H C O H H Glucosio H H O Fruttosio C O C H H In genere i monosaccaridi hanno formule grezze che sono multipli di CH2O. Caratteristica degli zuccheri è la presenza di: •un certo numero di gruppi funzionali ossidrilici (-OH) che conferiscono allo zucchero caratteristiche alcoliche; •un gruppo carbonilico (>C=O) che, a seconda di dove è posizionato, conferisce caratteristiche aldeidiche o chetoniche. I monosaccaridi possono anche presentarsi sotto forma di strutture ad anello: 6 CH2OH H 5C H H 4C OH OH 3C H CH2OH O H C 1 H OH HO O H OH H H OH O H OH C2 OH Formula di struttura Struttura semplificata Formula semplificata CH2OH H Due monosaccaridi possono unirsi mediante condensazione per formare disaccaridi come il saccarosio (lo zucchero da tavola Glu-Fru), il maltosio (Glu-Glu) HO CH2OH O OH H H H H H OH Glucosio H H OH HO OH O H OH H OH Glucosio H2O CH2OH H HO CH2OH O H OH H H H O e il lattosio (Glu-Gal) . Maltosio O H OH H H OH I polisaccaridi sono polimeri formati da centinaia o migliaia di monosaccaridi Le molecole di monosaccaride sono unite tra loro per condensazione. Alcuni polisaccaridi sono sostanze di riserva che le cellule demoliscono quando hanno bisogno di zucchero (energia). Granuli di amido in cellule di tubero di patata O O O O O O O O Glicogeno O O O Fibre di cellulosa nella parete di una cellula vegetale Molecole di cellulosa O O O Granuli di glicogeno nel tessuto muscolare Monomeri di glucosio Amido O O O O O O O O O O Cellulosa OO OO OO OO O OH O OH O OO OO OO O O O O O O Glicogeno e amido polimeri lineari del Glu: riserva energetica di animali e piante Cellulosa: polimero di Glu→ funzione strutturale nei vegetali → orgazizzaz. in fibrille I lipidi comprendono diversi composti formati essenzialmente da atomi di C e di H uniti tra di loro con legami covalenti non polari. Sono idrofobi: non miscibili con l’acqua. Essendo per la maggior parte non polari, le molecole dei lipidi non sono attratte dalle molecole d’acqua, che sono polari. I lipidi comprendono classi di molecole con struttura e funzione varie - Acidi grassi (saturi- oli o insaturi- grassi animali) -Trigliceridi (funz. deposito Energia) -Steroidi (4 anelli fusi, funz varie, componenti membrana e ormoni) -Cere (formano rivestimenti resistenti all’acqua, per es nei vegetali) -Fosfolipidi (componenti membrana) H H C H C OH OH H C H OH HO Glicerolo C O H2O CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 Acido grasso CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH3 H H H H C C C O O O C O C O C H O CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH CH2 CH2 CH22 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH3 CH3 Condensazione tra acido grasso e OH del glicerolo H3 C CH3 CH3 CH HO CH2 Colesterolo CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH3 glicerolo + 3 acidi grassi= trigliceride CH3 CH3 Acidi grassi saturi ed insaturi Acidi grassi combinati sotto forma di esteri con alcool: trigliceridi Proprietà dei lipidi dipendono dalle catene di acido grasso che li compongono Lipidi complessi polari: glicerofosfolipidi Steroidi Proteine: polimeri lineari di amminoacidi Elevata complessità strutturale Funzioni molto varie: •p. contrattili (es proteine muscolo) •p. deposito (es albumina) •p. Trasporto (es Hb) •p. strutturali (es cheratina, fibroina, …) •Ruolo catalitico: enzimi •di difesa (anticorpi) – •Messaggi chimici: e regolatori ormoni - fattori di crescita •Recettori •Tossine •Regolatori: fattori trascrizionali Le proteine sono coinvolte in quasi tutte le attività di una cellula. Le proteine sono costituite solo da 20 tipi diversi di amminoacidi La diversità tra proteine è basata sulle differenti catene in cui si può assemblare un gruppo comune di 20 monomeri di amminoacidi •Ogni amminoacido contiene: – un gruppo amminico; – un gruppo carbossilico; – un gruppo R, la regione variabile che determina le proprietà specifiche di ciascuno dei 20 diversi amminoacidi. H O H N C H C OH R Gruppo amminico Gruppo (acido) carbossilico •Ogni amminoacido ha proprietà specifiche basate sulla propria struttura: caratteri chimici del gruppo R Esistono •aa idrofobici •e aa idrofilici (carichi e non carichi) H H O N H H CH2 CH O N C C CH3 H H OH H C H N C CH2 OH Idrofobico C H C OH CH2 OH C CH3 Leucina (Leu) O OH Serina (Ser) O Acido aspartico (Asp) Idrofilico Nel polipeptide gli amminoacidi si legano tra loro mediante condensazione e formazione di legami peptidici O N H H H H C Legame peptidico Gruppo amminico Gruppo carbossilico C R + OH Amminoacido O H N C Reazione di condensazione H C H R N OH Amminoacido H2O H H O C C R H N C H R O C Dipeptide Sono possibili infinite combinazioni lineari di AA, quindi infinite sequenze polipeptidiche. La sequenza di AA definisce la struttura di una proteina e quindi la sua funzione. Nelle proteine stretto legame tra STRUTTURA FUNZIONE OH Nelle proteine stretto legame tra STRUTTURA FUNZIONE Una proteina è costituita da una o più catene polipeptidiche ripiegate secondo una particolare configurazione che determina la funzione della proteina. Scanalatura Scanalatura Se la proteina perde FORMA mediante DENATURAZIONE perde la sua FUNZIONE. IN UNA PROTEINA SI RICONOSCONO 3 o 4 LIVELLI STRUTTURALI Leu Met Pro Struttura primaria Gly Thr Gly Glu Cys Ser Lys Asn Val Val Lys Val 1. struttura primaria di una proteina è la sequenza di amminoacidi che formano la sua catena polipeptidica Ala Ile Val Ala His Val Phe Arg Leu Asp Ala Val Arg Gly Ser Pro Amminoacidi Legame idrogeno O H C 2. struttura secondaria:alcuni tratti del polipeptide si ripiegano o formano delle spirali stabilizzate da legami idrogeno. spiralizzazione →struttura secondaria alfa elica. Ripiegamento → struttura secondaria foglietto ripiegato C O C N H O C C N C H O C C N H O C N H O C N H C O C N H N H C O C C N H O C N H O C C C Alfa elica R H C N H N H H C C N R O CC O N C H CN H O H CC N C CN O O H O CC N C H C N C O H H O C N C O C N H C O C N C C H H N O C O C N CC H N C H O C N C H O C CN H C O Foglietto ripiegato struttura secondaria 3. struttura terziaria: la forma generale tridimensionale di un polipeptide. In genere dovuta ai legami H e ionici tra alcuni dei gruppi R polari e alle interazioni tra gruppi R idrofobici del polipeptide. Polipeptide (singola unità di transtiretina) Catena polipeptidica 4. struttura quaternaria risulta dall’associazione di due o più catene polipeptidiche. Un esempio di proteina con struttura quaternaria è il collagene: una proteina fibrosa costituita da tre α-eliche avvolte a spirale Transtiretina, 4 subunità polipeptidiche identiche Collagene Denaturazione delle proteine Agenti denaturanti Fisici: calore, radiazioni Chimici: pH estremi, alta conc. urea, guanidina ecc. •Lasciano intatta solo la struttura primaria •modificano proprietà chimico-fisiche •perdita attività biologica •se si allontanano, in molte proteine rinaturazione Gli acidi nucleici sono polimeri deposito di informazioni •Gli acidi nucleici sono polimeri di nucleotidi o POLINUCLEOTIDI •2 tipi di acidi nucleici: l’acido ribonucleico (RNA) e l’acido deossiribonucleico (DNA). •Il DNA e l’RNA hanno funzione di stampo per l’assemblaggio delle proteine e controllano la vita di una cellula. nucleotide Un polinucleotide si forma per condensazione a partire dai suoi monomeri. Il gruppo fosfato di un nucleotide si lega allo zucchero del nucleotide successivo andando a costituire uno scheletro zucchero-fosfato con le basi azotate collocate all’esterno di questa impalcatura. A T C G T Scheletro zucchero-fosfato Un monomero nucleotidico consiste in 3 parti: 1. Zucchero (deossiribosio o ribosio) 2. Gruppo fosfato 3. Base azotata FORMAZIONE DEL LEGAME FOSFODIESTERICO Nucleotide filamento polinucleotidico Il DNA è formato da 2 polinucleotidi avvolti uno sull’altro in una doppia elica. Le basi rivolte vs interno si appaiano in modo specifico mediante legami H (deboli singolarmente ma con effetto cumulativo) C A C C A-T C-G T G G A T C G A Differenze dell’ RNA - filamento polinucleotidico singolo - ribosio invece di deossiribosio - Uracile invece di Timina A Coppia di basi T G T A C T A A Maggiore instabilità, ruolo di vettore di informazione (transitorio) non deposito stabile. T T Nel DNA si trovano i geni: specifici tratti contenenti istruzioni per la sintesi di un polipeptide Il materiale genetico, cioè l’insieme delle informazioni che definiscono un organismo vivente, è contenuto in gigantesche molecole di DNA sotto forma di un codice molecolare (codice genetico). I genomi hanno organizzazione e dimensione diverse Analisi e confronto tra sequenze di genomi di organismi diversi usati per stabilire relazioni evolutive composizione chimica tipica di una cellula
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