Translational Research IT (TraIT) Informatiearchitectuur in de zorg versus onderzoek: een open boek? Jeroen A.M. Beliën 26-Jun-2014 Mission of biomedical research Create better outcomes for patients tomorrow than we have today! TraIT aims to support the translational research process by means of IT Epi/Genetics DNA Variants, Copy Number modifications Transcriptome mRNA, ncRNA miRNA Peripheral Markers Proteins, Metabolites Cells, Microbes Organ Systems CTMM TraIT project aim Sustainable research IT infrastructure for biomedical research projects: • Facilitate the collection, storage, analysis, archiving and securing of the data generated in Dutch medical research projects • Accelerate translational research; facilitate multi-center collaboration and data sharing within translational research projects CTMM landscape CTMM: molecular Stroke Heart diagnostics Failure Arrhythmia Diabetes Kidney Failure • In vitro diagnostics Breast Lung • Molecular imaging • Early Prostate Thrombosis Peripheral Vascular Disease detection of disease Colon • Stratification of patients for personalized therapies Leukemia Alzheimer Rheumatoid Arthritis Sepsis Public-private partnerships: Financial model Subsidy: 50% of research cost Academia € 75 mln In kind Industry € 37,5 mln CASH Government € 37,5 mln Kind CTMM projects € 300 mln € 150 mln Subsidy 50% ancient times the 21st century The beginning: caBIG® 70+ Software Tools International Grid for Data Sharing Tsunami of Genomic and Clinical Data Islands of Information Standardized Vocabularies Interoperability No Standard Language IT Systems Do Not Interoperate Growth of active participation in TraIT: 2011 2014: increase from 11 30 partners Growing TraIT project team STURING en VERANTWOORDING STURING KWALITEIT & VEILIGHEID PERFORMANCE MARKETING VERANTWOORDING INNOVATIE SAMENWERKING PARTICIPATIE KENNISMANAGEMENT ONDERZOEK INFORMATIEUITWISSELING ONDERWIJS BEHANDELING OPERATIE MEDICATIE THERAPIE … UITVOERING AANVULLEND ONDERZOEK AFRONDING VALORISATIE KCL NUC PAT MMI RAD …. VERPLEGING en VERZORGING SAMENSTELLING OVERDRACHT BEHANDEL-PLAN BEOORDELING & DIAGNOSE VOORBEREIDING ZORG CONSULT ANAMNESE, EIG.ONDERK AANVRAAG VERWIJZING PLANNING OPLEIDING EVALUATIE ZORGPROCESONDERSTEUNING ZORGRELATIE ZORGPLANNING RESOURCE ZORGLOGISTIEK PLANNING ZORGLOGISTIEK ZORG FACTURATIE BEDRIJFSONDERSTEUNING GEBOUWEN en MIDDELEN INKOOP en GOEDERENLOGISTIEK JURIDISCHE ONDERSTEUNING COMMUNICATIE en VOORLICHTING HOTELSERVICES PERSONEEL en ORGANISATIE FINANCIELE ADMINISTRATIE ICT MEDISCHE TECHNOLOGIE VEILIGHEID, KWALITEIT, ARBO en MILIEU RDZ versie2.2 Referentiedomeinenmodel Ziekenhuizen van i-ziekenhuis i-ziekenhuis is een samenwerkingprogramma van de NL ziekenhuizen en UMC’s op initiatief van NVZ en NICTIZ Connect care and research workflow Patient enters medical center Clinical Procedures Electronic Health Record Imaging Samples Experiments Clinical database Image database Biobank database Experimental data Data Integration External data Scientific Output Downstream analysis Intellectual Property Improved Healthcare Scope of TraIT TraIT typically supports • Translational biomedical research, i.e. customer projects normally include a clinical data component • Projects that are either multi-center or multi-domain (clinical, imaging, biobanking, experimental) • Investigator-driven studies or clinical registries • Late-stage product trials leading directly to an FDA/EMEA registration dossier are not within the regular scope of TraIT • Patient safety shall not directly depend on the information in TraIT systems • Projects initiated from The Netherlands (including foreign partners) Division in work packages Five data generating work packages Data integration & analysis across the four platforms Shared service center for hardware, training & support High-level TraIT data flows Hospital (IT) data domains clinical HIS e.g. Open Clinica PACS LIS T T P Translational Research (IT) integrated data translational research workspace imaging e.g. BMIA XNAT biobanking tranSMART Samples (IT) BIMS Public Data e.g. CBM experiment Various solutions e.g. R Uptake of TraIT OpenClinica Open source electronic data capture tool 100 number of studies 90 80 91 studies 131 sites 496 users 70 Also multicenter studies other Dutch UMC’s 60 50 Pre TraIT effect: multicenter VUmc studies 40 30 20 10 0 July 2008 Start DeCoDe OpenClinica Oct 2011 Start TraIT OpenClinica Oct 2012 Oct 2013 June 2014 Clinical imaging BMIA Image storage & simple webshop like image viewing (based on NBIA) Image pseudonymization pipeline (based on CTP from the RSNA) Link to OpenClinica for annotation in ECRF Multiple imaging tools supported BMIA XNAT CTP Keosys Digital Microscopy: Pathology Image Data Management Hospital (IT) Translational Research (IT) data domains integrated data tranSMART imaging pathology Slide scanner T T P Research IMS TraIT • • • • • • • Image Storage Image Viewing Image Analysis Non-DICOM object storage Integration with other TraIT domains Central review, consultation Tissue Micro Array management Biobank datamanagement UMC research Extract Transform Mapping to CBM-NL BIMS XML, CSV or OMX tranSMART CBM-NL Summary Database(s) e.g. R XML or CSV Load The biobank Picture (ochtend sessie) BBMRI (NL) Biospecimen catalogue workflow Molecular profiling data PI / (end)user wet-lab-person NGS Galaxy tools tech-operator (bio)informatician PI / (end)user Arrays Chipster Proteomics NHTMP coLIMS Phen. Datab. SURFsara Data storage + computational power Patient enters medical center Clinical Procedures Electronic Health Record Imaging Samples Experiments Clinical database Image database Biobank database Experimental data Data Integration External data Scientific Output Downstream analysis Intellectual Property Improved Healthcare Patient enters medical center Clinical Procedures Electronic Health Record Imaging Samples Experiments Clinical database Image database Biobank database Experimental data Data Integration External data Scientific Output Downstream analysis Intellectual Property Improved Healthcare Splendid isolation? Patient enters medical center Clinical Procedures Electronic Health Record Imaging Samples Experiments Clinical database Image database Biobank database Experimental data Data Integration Downstream analysis Scientific Output Intellectual Property Improved Healthcare EATRIS Basis architectuurplaat NFU • • • • Lobby / coordination around calls International cooperation Registers / cohorts (ZonMW and others) UMD transcending infrastructures Processes • • • • • • • Service desks Knowledge sharing / training Cooperation ‘Technology hotels’ Catalogues Access to data Harmonization consents Data / Information • • • Pseudonimization / TTP Data / metadata standards / ontologies Data quality Application • • • • Agreements about local implementations Standards interfaces Pipelines Authentication / autorisation Technics • • • High Performance Compute (HPC) Storage (local and cloud) Network (light paths) Business Deliverabes Welke stappen moeten nu worden gezet? Doel van werkpakket 2: architectuur » De doelen van de beoogde architectuur zijn: – richting geven aan de ontwikkeling van de onderzoeksdata infrastructuur bij de huizen; – bepalen van gewenste activiteiten, functionaliteiten en processen om tot de gewenste architectuur te komen; – stellen van prioriteiten. Uitgangspunten » Belangrijke uitgangspunten: – aansluiten bij bestaande architecturen binnen en boven de UMC’s – aansluiten bij bestaande organisaties binnen en boven de UMC’s (waaronder in ieder geval SIGPRIMA en de architectuurwerkgroep van CTMM / TraIT) – aansluiten bij nationale en internationale standaarden en best practices Deliverables » De eerste stappen die daartoe moeten worden gezet zijn: – inrichten projectorganisatie – nadere inventarisatie van bestaande activiteiten en relevante richtlijnen en standaarden – opstellen eerste versie van de gewenste architectuur – plan voor vervolg Activiteiten en timelines Wat moet er wanneer gebeuren? Fasering werkplan 1: Inrichten projectorganisatie Aug. – sept. 2014 » » » » » 2: Voorbereiding & inventarisatie Sept. – okt. 2014 3: Ontwikkeling 1e versie architectuur Nov. 2014 4: Afstemming en creëren draagvlak Nov. – dec. 2014 5: Plan vervolg Jan. 2015 Fase 1: inrichten projectorganisatie – Aanwijzen (voorlopige) projectleider en samenstellen projectteam – Informeren van en afspraken met betrokken partijen Fase 2: voorbereiding en inventarisatie – In kaart brengen relevante documenten, richtlijnen en standaarden – Voorbereiding werksessie Fase 3: Ontwikkeling 1e versie architectuur – Opstellen draft 1e versie architectuur tijdens werkconferentie met alle betrokken architecten – Constateren van overlappen en lacunes in huidige activiteiten, bepalen van prioriteiten Fase 4: Afstemming en creëren van draagvlak – Review draft architectuur door stakeholders (binnen / buiten UMC, ook bijv. ZonMW, STZ) – Vaststellen van eerste versie, besluit door programmacommissie Fase 5: Opstellen plan vervolg – Uitwerken van plan voor het verder ontwikkelen en onderhouden van de architectuur – Inclusief benodigde projectorganisatie en commitment van betrokken partijen Overzicht speelveld Internationale community Veel diverse partijen Ministeries OC&W Funding anders dan ESFRI EZ VWS ZonMW Standaardisatie instituten NEN NWO Diverse collectezakfondsen Partners in PPP Patiëntenorganisaties Diverse patiëntenorganisaties Overlegplatforms NICTIZ CRO’s Pharma FP7 / FP8 IMI eScience Center Horizon 2020 DTL BMS.NL Ziekenhuizen Diverse andere ziekenhuizen MKB / Spin off LSH plaza NFU projecten PSI/Life Lines Robijn UMC Utrecht LUMC Radboud MC Erasmus MC AMC VUmc NFU Platform Klinisch Onderzoek Kennisorganisaties Universiteiten RIVM CBS TNO Hubrecht Institute DICA e.a. NKI Topinstituten NGI/NBIC CTMM / TraIT TI Pharma / Mondriaan BMM MUMC UMCG Leveranciers VSNU SURF EPD leveranciers Vancis/SARA/CIT e.a. IT bedrijven (IBM, Oracle, SAS etc.) NL Roadmap grootschalige onderzoeksfaciliteiten / ESFRI EATRISNL/EATRIS - /ECRIN Diensten binnen de UMC’s, zoals LUMC ADM TTP’s NeCEN/ INSTRUCT BioImagingNL/ Bioimaging Laboratorium tools / software Grootschalige apparatuur (Philips e.a.) BBMRI-NL / BBMRI ELIXIR 31 Uitdagingen/Vraagstukken/Discussie? • • • • Begrijpen we elkaar? – Hebben we een “referentiemodel” voor zorg & onderzoek? – Informatie architectuur voor zorg en onderzoek: principes & uitgangspunten (richtlijnen). – Het EPD is primair een zorgsysteem, maar het zal waar mogelijk binnen de kaders van wet- en regelgeving ook de research ondersteunen – (her)gebruik van wat er al is, niet onnodig wielen uitvinden Wie – willen data uit zorg gebruiken en mogen ze benaderen? O.a. wet en regelgeving, pre-competatief – registreert/creëert, beheert, geeft de data uit en is eigenaar van de bron en/of verrijkte gegevens? Welke gegevens zijn relevant? – minimale dataset, missing values, referentiedata, harmonisatie en standaardisatie – ruwe data, de tussenresultaten, de uiteindelijke/finale bewerkte data? Wat betekenen de gegevens? – • • zonder context geen tot minder waarde? Waar – komen de gegevens vandaan? Zorg versus onderzoeksdomein data exchange platform – worden ze bewaard/opgeslagen, beheerd? Lokaal (federatie), centraal of een mix? Hoe krijgen we de gegevens in/uit de (bron)systemen? – Zijn gegevens direct bruikbaar of dienen ze geconverteerd/getransformeerd te worden? – Datamodeleringsaspecten: verzamelen/vastleggen versus analyseren Acknowledgements And many more…
© Copyright 2024 ExpyDoc
