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Ensembl？
サイエンス・テクノロジー・システムズ株式
会社
癸生川絵里
What’s Ensembl？
EMBL-EBIとSangerCenterのジョイントプロジェクト
公共データバンクからDNAデータを収集
アセンブル
アノテーション付加
Automaticに行うシステムを
開発、更新している。
“Free Unrestricted Genome Access For All”
（得られるゲノム情報は専用インターフェース等を含めフリーで提供している。）
オープンソースソフトウェアとして特に以下が利用可能。
- Web-Interface
- Database
- API ( Java, Perl )
ローカルに環境構築可能。
カスタマイズ可能。
Web-Interface
Top page
http://www.ensembl.org
Ensembl Tour
（Ensembl紹介）
Help Desk（重要）
＆Documents（重要）
多彩なView
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geneview
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primerview
protview
snpview
syntenyview
tagloview
transview
mapview
martview
textview
などなどございます。是非ご探訪ください。
導入事例ご紹介
＜事例1＞
情報・システム研究機構国立遺伝学研究所
生物遺伝資源情報総合センター
系統情報研究室様
（ご内容）
■ Ensembl カスタマイズ&インストール
- DASでインハウスデータを統合表示
- データ作成
- View編集
■ データ更新
＜事例2＞
○×△ 株式会社様
（ご内容）
■ Ensembl Powered カスタマイズ&インストール
-Ensembl DBへ直接インハウスデータ
を追加して統合表示
-View編集
Architecture
browsers
Web code
Ensembl API
Apache / mod_perl
web servers
Bioperl
Ensembl DBs
MySQL RDBMS
ensembl.org
Database
Schemas（MySQL）
Database
API 利用
API 直利用
ローカルサーバ、外部公開サーバの
Ensemblデータベースに接続させることが
できます。
欲しい情報をまとめて抽出し、
他プログラムと連携させることができます。
Happy, Ensembling ! ;)
サイエンス・テクノロジー・システムズ(株)
http://www.st-systems.co.jp

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