Core Seminar 5月３１日（木） 本日の講義内容 • BEST-KITを用いた生化学反応系の計算機 シミュレーション ２段階酵素反応系 E1 + S ⇔ E1・S → P1 + E2 ⇔ E2・P1 → P2 E1 + S ⇔ E1・S → P + E2 ⇔ E2・P → S ２段階酵素反応系（Model 1） S k+1 k2 E1・S P1 k+3 k4 E2・P1 E1 P2 k-1 E2 初期条件 速度定数 k-3 S = 1.0e-4 E1 = 1.0e-6 E2 = 1.0e-6 E1・S = P1 = E2・P1 = P2 = 0.0 k+1 = 5.0e+6 k-1 = 5.0 k2 = 0.5 k+3 = 5.0e+6 k-3 = 5.0 k4 = 1.0 ２段階酵素反応系（Model 1） S k+1 k2 E1・S P1 k+3 k4 E2・P1 E1 k-1 E2 k-3 １） 計算機シミュレーションを実行せよ ２） Virtual Laboratoryを実行せよ ３） k2およびk4の最適値を求めよ P2 ２段階酵素反応系（Model 1） １） 計算機シミュレーションを実行せよ End Time 250 sec Plot points 100 ２） Virtual Laboratoryを実行せよ /Simulate/Virtual Lab…/を起動する。 [Set break point…]ボタンをクリックし、 100 sec毎に、基質濃度（S）を1.0e-4にする。 ２段階酵素反応系（Model 1） ３） k2およびk4の最適値を求めよ k2およびk4のシンボルの速度定数を入力する箇所に 『unknown』と入力し、計算機シミュレーションを実行 する。 Optimization Method Allowance Plot points Hybrid 5.0 100 Search Space 0.1 ～ 5.0 『2-step ES.csv』データを実験データに適用する。 『optimize』ボタンをクリックする。 ２段階酵素反応系（Model 2） k4 S E2・P1 k+3 k+1 E1 k-1 初期条件 速度定数 E1・S E2 k2 P1 k-3 S = P1 =1.0e-4 E1 = E2 = 1.0e-6 E1・S = E2・P1 = P2 = 0.0 k+1 = 5.0e+6 k-1 = 5.0 k2 = 0.5 k+3 = 5.0e+6 k-3 = 5.0 k4 = 1.0 ２段階酵素反応系（Model 2） k4 S E2・P1 k+3 k+1 E1 k-1 E1・S E2 k2 P1 k-3 １） 計算機シミュレーションを実行せよ ２） k4のscanを実行せよ ２段階酵素反応系（Model 2） １） 計算機シミュレーションを実行せよ End Time 300 sec Plot points 100 ２） k4のscanを実行せよ k4のシンボルの速度定数を入力する箇所に 『scan』と入力し、計算機シミュレーションを実行する。 Scan Range 0.1 ～ 1.0 『Calculate』ボタンをクリックする。 グラフを表示し、『Reactants and Parameters』の 切り替えボタンをクリックする。
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