遺伝統計学
集中講義
（３）
単一のSNPデータの取り扱い
単一SNP関連解析
• ２ｘ３分割表を作る
– 変数
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感受性アリル頻度
有病率
人口
ジェノタイプ別リスク
ケース・コントロールサンプル数
– 関数
• ROUND
– Hardy-Weinberg平衡
– エクセル “Create2x3.xls”
SNPの解析をする（１）
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ケース・コントロール別人数
ジェノタイプ別人数
全人数
ケース・コントロール・全 別のジェノタイプ頻度・ジェ
ノタイプ頻度
• リスクアリルの同定
• リスクアリルなしのジェノタイプを基準にジェノタイプ
オッズ比の算出
• エクセル “3-3-41SNPcontrol-case.xls”
SNPの解析をする（２）
• Hardy-Weinberg平衡検定
– 期待値の算出
– χ自乗値の計算、そのｐ値
– HWE正確確率検定
– ケース・コントロール・全体
SNPの解析をする（３）
• ケース・コントロール関連検定
– ジェノタイプ検定(２ｘ３)
– ２ｘ２分割表検定(アリル、優性・劣性)
– トレンドテストによるアリル検定
– トレンドテストによる優性・劣性検定
– エクセル “Trend.xls”
SNPの解析をする（４）
• オッズ比～相対危険度
– 作成分割表のリスクとオッズ比との比較
– 信頼区間と独立性検定のｐ値

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