DataSheet GeneChip® 3’ IVT PLUS Reagent Kit Affymetrix 3’ IVT 遺伝子発現解析用にデザイン、開発、最適化された完全サンプル調製キット アフィメトリクスの最新のGeneChip® 3 IVT PLUS Reagent Kit（3 IVT PLUS Kit）は、GeneChip® 3 IVT Expression Arrayによる遺伝 子発現プロファイリング用のRNAサンプル調製を可能にします。本 キットは、50∼500 ngのトータルRNAからハイブリダイゼーション がすぐに可能なターゲットを調製するために必要な全ての試薬と、 簡便なプロトコールで構成されています。 本3 IVT PLUSアッセイは高い感度と特異性を示し、新鮮凍結組織、 細胞、細胞株などの広範なサンプル由来のトータルRNAを用いて 作業するよう最適化されており、あらかじめリボソームRNAを除去 する必 要 がありません 。全 血 サンプル 由 来 の t o t a l R N Aも3 I V T PLUS Kitに適合しており、 トランスレーショナルリサーチおよび臨床 研究の研究者が、一般的に用いられる種類の臨床サンプルから迅 速に発現シグネチャーを作成し、非侵襲的バイオマーカー検査を 開発することが可能になっています。 本アッセイ法はきわめて簡便かつ正確で、以下の利点があります。 必要RNA量が少ない−1回の増幅に必要な total RNA量は50 ng と少ないため、その後の研究にサンプルを回すことができます。 アッセイの結果は定評ある3 発現解析キットであるGeneChip® 3 IVT Express Kit (3 IVT Express Kit)と高度に一致しており、これま でに得られたデータを損なうことなく高品質なデータ生成を継続 できます。 初期プライマーアニーリングまたはcDNA精製ステップを行わな いプロトコールの最適化が可能であり、ワークフローを合理化で きます。 適切なトータルRNA量を用いて作業を1日で完了できるプロトコー ルにより、迅速なサンプル処理が可能です。 回収を促進する磁気ビーズ精製により十分な量のターゲットを作 製できます。 効果的なトラブルシューティングに役立つコントロールを内蔵して います。 3 IVT PLUS Kitの試薬類は、total RNAサンプル中のpoly-A RNAか ら、増幅およびビオチン化相補的RNA（cRNA、増幅RNAまたはaRNA という名 称でも知られています）を作 製します。本キットは R N A の poly-Aテール接合部においてプライミングすることによって逆転写 を行い、mRNAから遺伝子発現プロファイルを提供します。RNA増幅 はlinear amplificationに基づ いており、十分に標準化されたT7 in vitro 転写（IVT）技術を採用しています。 仕様 標識cRNA収量 15 µg 以上 ％CVの中央値 10%以下 アクチン3’/5’比 5.0 以下 GAPDH 3 /5 比 2.0 以下 対照*と比較したシグナル相関のピアソンの r 値 （全プローブセット） 0.95 以上 poly-A 3’検出 あり サンプルの種類 真核生物の組織、細胞株、全血**由来のトータルRNA 最小必要サンプル量 50 ng サンプル量の範囲 50 ng–500 ng バリデーション済みのアレイプラットフォーム カートリッジ、プレート、ストリップ方式3’ IVT発現解析用アレイ *対照は、3’ IVT Express Kitから調製した同一サンプルである。 **全血由来のトータルRNAが用いられる予定の場合、3’ IVT PLUS Kitによるターゲット調製の前にグロビン量を減らすためサンプルを処理する必要がある。 1 DS1401 01-01 3 IVT PLUS Kitは、さまざまな品質の多様な組織および細胞株サンプルを用いても、50 ngのトータルRNAから十分量のターゲット を作製します。 以下のトータルRNAのバイオアナライザーゲル画像（図1A）は、評価したサンプルのさまざまな分解状態を示しています。対応する標識cRNA収 量の表（図1B）では、そのサンプルそれぞれについて、3 IVT PLUS Kit により生成された標識cRNAの収量を示しています。すべてのサンプルが、 GeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Array などの3 IVT 発現解析用アレイに必要とされる十分量のハイブリダイゼーションターゲット を生成しました。 図1A : さまざまな新鮮凍結組織および細胞株由来のトータルRNAのバイオアナライザーゲル画像および対応するRIN 値 HeLa LNCaP ヒト 腎臓 #1 9.8 9.5 9.4 ラダー RIN MAQCA マウス 脳 8.6 マウス 筋肉 8.6 ヒト 筋肉 ヒト 肝臓 8.3 8.1 8.4 MAQCB ヒト 胎盤 ヒト 脳 ヒト 腎臓 #2 ヒト 卵巣 ヒト 精巣 ヒト 腎臓 #3 7.5 6.9 6.3 5.5 5.4 4.6 3.0 図1B : さまざまな新鮮凍結組織および細胞株から3 IVT PLUS Kitにより作製された標識 60 * アレイハイブリダイゼーションステップに必要とされるトータルRNA量は 総cRNA収量の平均値 (µg) 52.1 50 46.5 43.3 46.5 わずか11 µgであることに留意。 45.6 39.9 40 30 25.4 21.0 35.7 23.1 21.0 20 20.1 18.5 15.8 16.1 * 10 0 2 9.8 9.5 9.4 HeLa LNCaP ヒト 腎臓 #1 8.6 8.6 MAQCA マウス 脳 8.4 8.3 8.1 7.5 6.9 6.3 5.5 5.4 4.6 3.0 RIN マウス 筋肉 ヒト 筋肉 ヒト 肝臓 MAQCB ヒト 胎盤 ヒト 脳 ヒト 腎臓 #2 ヒト 卵巣 ヒト 精巣 ヒト 腎臓 #3 RNA 量 3 IVT PLUS Kitは広範に用いられている3 IVT Express Kitと高い一致率を示します。 3 IVT Express Kit と 3 IVT PLUS Kitを比較した以下の相関プロット（図2）により、さまざまな新鮮凍結組織および細胞株について、ピアソン の r 値が高く、優れたシグナル相関（図a∼g）およびfold-change相関（図h）が示されています。ターゲットは50 ngのRNA材料を用いて作製さ れました。一致率の評価のため11µg の標識cRNAをGeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Arrayにハイブリダイゼーションしました。 Figure 2 a e Brain Pearson r = 0.977 LNCaP Pearson r = 0.975 b f Liver Pearson r = 0.983 MAQCA Pearson r = 0.977 c g Muscle Pearson r = 0.991 MAQCB Pearson r = 0.977 d h Placenta Pearson r = 0.992 MAQC A/B Pearson r = 0.977 x-axis: 3' IVT Express Kit y-axis: 3' IVT PLUS Kit 3 ご注文情報 Part number Description Details 902415 GeneChip 3’ IVT PLUS Reagent Kit 10 反応分 902416 GeneChip® 3’ IVT PLUS Reagent Kit 30 反応分 Part number Description Details 900720 GeneChip® Hybridization, Wash, and Stain Kit 30 反応分 Part number Description Details 900470 900466 900467 GeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Array 2 アレイ 6 アレイ 30 アレイ 901837 901838 GeneChip® PrimeView™ Human Gene Expression Array 10 アレイ 30 アレイ 900495 900496 900497 GeneChip® Mouse Genome 430 2.0 Array 2 アレイ 6 アレイ 30 アレイ 900505 900506 900507 GeneChip® Rat Genome 230 2.0 Array 2 アレイ 6 アレイ 30 アレイ ® 関連試薬 関連するアレイ *本表は一般的に用いられるヒト、マウス、ラットの3’ IVT 発現解析用アレイの一覧です。モデル生物アレイについては、www.affymetrix.com をご覧ください。 本製品は試験研究用ですので、診断の目的には使用できません 製品の仕様は予告なく変更される場合がありますので、予めご了承ください。 製品の開発は随時進んでおりますので、最新の情報については、お問合せください。 取扱店 4
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