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ZIEL - Institute for Food & Health
Technische Universität München
Wir suchen für unser Team ab 01. November 2016 oder früher eine(n)
Doktorand(in) in Molekularer Mikrobiologie zum Thema
„Metatranslatome von vereinfachten murinen Mikrobiota“
Über uns
Das ZIEL - Institute for Food & Health ist eine zentrale Einrichtung der Technischen Universität München mit Sitz
in Freising-Weihenstephan. In der ZIEL Core Facility Mikrobiom/NGS steht eine Doktorandenstelle für drei Jahre
zur Verfügung. Das Projekt ist Teil der Mikrobiom/NGS Initiative des ZIEL und umfasst eine enge Zusammenarbeit
mit Bioinformatikern und dem Lehrstuhl für Ernährung und Immunologie (Prof. Haller).
Anforderung
Wir suchen eine(n) Absolventen(in) mit Erfahrung und guten experimentellen Fähigkeiten in molekularer Biologie,
vorzugsweise Mikrobiologie, der/die motiviert, engagiert und teamfähig ist. Es wird teilweise mit Versuchstieren
gearbeitet.
Aufgaben
Das Mikrobiom des Darms und seine vielfältigen Funktionen für den Wirt sind in den letzten Jahren in den Fokus
der Forschung gerückt. Häufig werden die beteiligten Bakterienarten, z.B. auch bei Krankheitsgeschehen, dargestellt und aus der Häufigkeitsverteilung entsprechende Schlüsse gezogen. Doch die Frage nach der sogenannten
Funktionalität und den beteiligten zellulären Prozessen im Mikrobiom ist kaum untersucht. Es ist oft nicht klar welche Bakterien mit welchen Genen an der Interaktion mit dem Wirt beteiligt sind. Die Translation ist eine fundamentale Schnittstelle zwischen der genetischen Information von Organismen und den aktuell benötigen Proteinen. Moderne Sequenzierungstechnologien (Next-Generation Sequencing) erlauben es, das sogenannte Translatom darzustellen. Hierbei wird nur mRNA sequenziert, die aktuell translatiert wird (RIBOseq).
Ziel des Projektes ist es, die bislang nur auf einzelne Bakterienarten angewandte RIBOseq Technologie für vereinfachte Darmkonsortien der Maus mit mehreren bakteriellen Stämmen zu etablieren. Welche experimentellen Voraussetzungen sind nötig, um Metatranslatome vereinfachter Konsortien darstellen zu können? In Zusammenarbeit
mit Bioinformatikern soll begleitend die Interaktion der Bakterien untereinander und mit dem Wirt dargestellt werden. Die erzielten Ergebnisse sollen in Publikationen einfließen und sind Basis für weitere Forschungen über die
Funktionalität des Mikrobioms im Wirt.
Wir bieten
 Die Vergütung erfolgt nach TV-L E13/2 und ist auf drei Jahre befristet
 Wir bieten eine attraktive Tätigkeit an einem hochrangigen Standort mit modernster Laborausstattung und
professioneller Betreuung
Bewerbung
Schwerbehinderte Bewerberinnen und Bewerber werden bei ansonsten im Wesentlichen gleicher Eignung
bevorzugt eingestellt. Die Technische Universität München strebt eine Erhöhung des Frauenanteils an, Bewerbungen von Frauen werden daher ausdrücklich begrüßt.
ZIEL - Institute for Food & Health
Technische Universität München
Wir freuen uns auf Ihre aussagekräftigen Unterlagen. Ihre Bewerbung (in Deutsch oder Englisch) inkl. den Namen
von zwei Referenzen richten Sie bitte bevorzugt in elektronischer Form bis zum 02. September 2016 an
[email protected].
Technische Universität München
ZIEL – Institute for Food & Health
Core Facility Mikrobiom/NGS
Dr. habil. Klaus Neuhaus
Weihenstephaner Berg 3
85354 Freising
[email protected]
www.ziel.tum.de
www.tum.de
Doktorandenstelle im Projekt „MiMo_ALe – Microorganisms from
Moroccan ecosystems in Anti-infective Lead discovery“
Die Nachwuchsforschergruppe „Antiinfektive Naturstoffe“ wurde Ende 2013 im Interfakultären Institut
für Mikrobiologie und Infektionsmedizin der Universität Tübingen etabliert und ist Teil des Deutschen
Zentrums für Infektionsforschung (DZIF). Im Rahmen des vom BMBF finanzierten Projektes „MiMo_ALe –
Microorganisms from Moroccan ecosystems in Anti-infective Lead discovery“ ist frühestens ab November
2016 eine Doktorandenstelle zu besetzen, die mit 50% E13 vergütet wird und zunächst auf 36 Monate
befristet ist.
Wir sind eine junge und motivierte Arbeitsgruppe, die sich insbesondere mit der Isolierung und Charakterisierung neuer antiinfektiver Sekundärmetabolite beschäftigt. Unser Ziel ist es, neue Leitstrukturen für
die Entwicklung antiinfektiver Arzneimittelwirkstoffe zu identifizieren. Im Mittelpunkt der täglichen
Arbeiten im Labor stehen chromatographische Isolierungstechniken (z.B. SPE, CC, HPLC), chemischanalytische Methoden zum Screening und zur Strukturaufklärung (z.B. HPLC-DAD-MS, Tandem-MS, einund zweidimensionale NMR), sowie Bioaktivitätsassays (z.B. Agar-Diffusionstests). Unsere Einbindung in
das DZIF gibt uns hervorragende Kooperationsmöglichkeiten mit lokalen und nationalen Partnern
bezüglich der detaillierten Charakterisierung neuer Wirkstoffkandidaten. Naturstoffforschung hat eine
langjährige Tradition an der Universität Tübingen, so dass wir auch intensiv mit verschiedenen anderen
Gruppen in der Biologie, der Chemie und der Pharmazie zusammenarbeiten. MiMo_ALe ist ein
Kooperationsprojekt mit einer Arbeitsgruppe an der Universität in Marrakesch, Marokko.
Der Schwerpunkt der Promotionsarbeit wird auf der Isolierung und Charakterisierung antiinfektiver
Sekundärmetabolite aus Actinomyceten liegen. Dazu werden in Kooperation mit den marokkanischen
Partnern zunächst neue Actinomyceten-Stämme aus verschiedenen Habitaten in Marokko isoliert
werden. Diese Stämme werden taxonomisch und chemisch/biologisch charakterisiert, und
vielversprechende Stämme werden im größeren Maßstab kultiviert und extrahiert. Aus diesen Extrakten
werden neuartige bzw. die für die Bioaktivität verantwortlichen Sekundärmetabolite isoliert und ihre
Struktur aufgeklärt. Abschließend folgt die detaillierte biologische Charakterisierung.
Anforderungen: abgeschlossenes Studium der Pharmazie, Chemie, Biologie oder einer vergleichbaren
Disziplin sowie Interesse an naturstoffchemischen und analytisch-chemischen Fragestellungen.
Bereitschaft zu zwei jeweils dreiwöchigen Probenahme-Exkursionen in Marokko (Anfang 2017 und 2018).
Von Vorteil: Kenntnisse analytisch-chemischer (HPLC) und präparativer (HPLC, CC, FC) Techniken sowie
Methoden der Strukturaufklärung (MS und NMR) und grundlegender mikrobiologischer Arbeitsweisen.
Eine schriftliche Bewerbung per Email an [email protected] wird bis zum 15.08.2016
erbeten (in einer pdf-Datei: Motivationsschreiben, Lebenslauf, Zeugnisse, soweit vorhanden
Zusammenfassung der Master-Arbeit). Schwerbehinderte werden bei gleicher Eignung bevorzugt
berücksichtigt. Die Universität Tübingen strebt eine Erhöhung des Anteils von Frauen in Forschung und
Lehre an und bittet deshalb entsprechend qualifizierte Kandidatinnen um ihre Bewerbung.
Für nähere Informationen besuchen Sie bitte http://www.uni-tuebingen.de/de/50767 oder schreiben
eine Email an die o.g. Adresse.

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