文部科学省「地域イノベーション戦略支援プログラム」 関西ライフイノベーション戦略プロジェクト 第10回先進科学技術活用力養成講座 ＦＭＯ計算法：入門から創薬への応用まで FOCUSスパコンでのFMO利用法と “タンパク質ｰ小分子リガンド”複合体のFMO計算のコツとハンズオン講習会 タンパク質・リガンド間の相互作用解析を量子力学の原理に基づいて計算できるフラグメント分子軌道法は、構造 ベース創薬において古典力場では得られない重要な情報を提供します。今回の講習会は、ABINIT-MPとBioStation ViewerおよびMOEを用いて、1日目は、タンパク質リガンドに対する計算について一通りの流れを解説し、2日目は複 合体の計算を行う上でつまづき易い点を取り上げ、講義と演習形式で学ぶ実践的な内容となっています。 また、今回、プログラムの投入などに使うLinuxに不慣れな方を対象として希望者の方に、Linux mini講習会の行いま す。ABINIT-MPがインストールされているFOCUSスパコンの概要を説明するとともにFOCUSスパコンへログインし、 ABINIT-MPの実行までを実習していただく講習会となります。 2日目は、一通りの計算ができるようになってからの、つま づき易いポイントについて解説 相互作用エネルギーの成分ごとの寄与を分解できる PIEDAについて解説 FMO計算 初級～中級者のためのハンズオン実習 1日目は入門者の方を対象にABINIT-MPでFMO計算が、 問題なく走らせるところまでをカバー リガンドのフラグメント分割について丁寧に解説 タンパク質‐小分子リガンド”複合体のFMO計算を始めてみたい方の入門（1日目）や、ある程度FMO計算の経験をお 持ちでエラーなどの対処でお困りの方のステップアップの機会（2日目）として、是非ご活用下さい。 日 時 受講費 会 場 対象者 申込方法 ８月１日 ８月２日（火） 2016年 （月）、 1日目：10：00～17：00 （9：45 受付開始） 2日目：12：30～17：30 (12：15 受付開始） 無料 （定員１０名） 公益財団法人 計算科学振興財団 (FOCUS) 実習室 【アクセス】 兵庫県神戸市中央区港島南町7-1-28 計算科学センタービル 最寄り駅「京コンピュータ前駅」（ポートライナー）より徒歩約3分 “タンパク質ｰ小分子リガンド”複合体のFMO計算法に興味をお持ちの方で、 以下の要件を満たす方 （使用するPC、 ソフトウェア等は当方で準備致します） １） ABINIT-MPとBioStation ViewerによるFMO計算に興味のある方 ２） FMO計算に興味はあるか、これまで、ほとんど経験のない方（1日目） ３） 計算法の選び方や、計算が止まった際の対処に不安のある方(2日目） ４） リガンドのフラグメント分割について詳しく知りたい方（2日目） ５） 相互作用エネルギーを成分ごとの寄与に分解できるPIEDAについて詳しく知りたい方（2日目） 氏名、所属、役職、メールアドレス、電話番号、1日目午前の部、午後の部、2日目午後の部へそ れぞれへの参加の有無(ご興味に合わせ、1日目のみの参加、2日目のみの参加、1日目午後か ら2日目までの参加など可能で）及び専門分野（計算化学、創薬・合成化学、構造生物学、その 他 から該当する分野すべて）、を明記の上、メールでお申込みください。 （ [email protected] 神戸大学連携創造本部 北川宛）先着順にて、 事務局よりご連絡いたします。 なお、開催にあたって、参加者情報は講演者に提供されます。 締切 ： 2016年７月２８日（木） FMO講習会の感想 この講習会ではFMO計算を行う際につまずきやすいポイントを抑え、 解決策も教えてもらえるので、非常に分かりやすくFMO計算が スムーズに流せるようになりました！ *本セミナーは、文部科学省 「地域イノベー ション戦略支援プログラム」における「関西 ライフイノベーション戦略プロジェクト」の 協力により開催されます。参加者には簡単 なアンケートにご協力をお願いします。 主催 ： 神戸大学 連携創造本部 ・ 計算科学教育センター 共催 ： 公益財団法人 計算科学振興財団 後援 ： みずほ情報総研株式会社 文部科学省「地域イノベーション戦略支援プログラム」 関西ライフイノベーション戦略プロジェクト 先進科学技術活用力養成講座（第10回） ＦＭＯ計算法：入門から創薬への応用まで FOCUSスパコンでのFMO利用法と “タンパク質ｰ小分子リガンド”複合体のFMO計算のコツとハンズオン講習会“ 日 時： 会 主 共 後 場： 催： 催： 援： 1日目 8月1日（月） 10：00～17：00 (9：45 受付開始) 2日目 8月2日（火） 12：30～17：30 (12：15 受付開始) 公益財団法人 計算科学振興財団 (FOCUS) 実習室 [アクセス] 神戸大学 連携創造本部 ・ 計算科学教育センター 公益財団法人 計算科学振興財団 みずほ情報総研株式会社 1日目 2016年8月1日（月） 10:00 FOCUSスパコン概要 計算科学振興財団 木下朋子 10:30 Linux mini講座 計算科学振興財団 木下朋子 11:30 昼食 12:30 理論編（初級） FMO計算の概要 神戸大学連携創造本部 渡邉博文 12:45 ABINIT-MPを使ったFMO計算（座学と演習） - 入力ファイル(ajfファイル)の作成 - 計算の実行 神戸大学連携創造本部 渡邉博文 13:45 休憩 14:00 タンパク質複合体の計算 （座学と演習） - 構造の前処理 - 入力ファイル（ajfファイル）の作成 - 計算実行 - IFIE解析 16:00 質疑応答 17:00 1日目終了 神戸大学連携創造本部 渡邉博文 2日目 2016年8月2日（火） 12:30 理論編（中級） FMO計算の特徴 計算レベルの選び方(電子相関・基底関数）の選び方 14:45 ABINIT-MPよくあるエラー、トラブルへの対処 （座学と演 習） - 計算が収束しない - 電子数が不正と表示される - フラグメント中の原子数が不正だと表示される - 意図したものと異なる元素と認識されてしまう - フラグメントの数が少ない - 出力ファイル(outファイル)の読み方 休憩 15:00 PIEDAの機能説明 12:45 15:30 16:30 17:30 リガンドのフラグメント分割 （座学と演習） - BioStation Viewerを用いたフラグメント分割 - リガンドに電荷がある場合の注意事項 質疑応答 終了 神戸大学連携創造本部 渡邉博文 神戸大学連携創造本部 渡邉博文 みずほ情報総研株式会社 加藤幸一郎
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