CEQ8800 ver7.0-AD 遺伝子解析システム CEQ8800 Tutorial Manual CEQ8800 ver7.0-AD 遺伝子解析システム CEQ8800 Tutorial Manual Chapter 1 サンプル調整 1） 消耗品類に関して・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・２ 2） DNA サンプル調整・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・3 3） シーケンシング反応・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・4 4） エタノール沈殿・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・5 Chapter 2 ソフトウエアとハードウエアの起動 1） PC と CEQ8800 の起動・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・7 Chapter 3 サンプルのセットアップ‐‐‐‐‐‐（Sample Set Up Module） 1） サンプル名の入力・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・10 2） 泳動条件（メソッド）を設定・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・11 3） 泳動条件の編集と登録・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・12 4） 解析条件の設定・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・13 5） バーコードに関して・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・14 6） サンプルプレートを保存する・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・15 7） 泳動をスタートさせる・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・16 CEQ8800 ver7.0-AD Chapter 4 本体の操作方法‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐（Run Module） 1） メイン画面・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・20 2） 各種メニューの説明・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・21 3） ゲルカートリッジの交換・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・22 4） キャピラリーアレイの交換・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・24 5） サンプル・バッファー・ウェッティングトレイのセットアップ・・・・・・・・・28 6） 分析中でのプレートセットアップ及び交換・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・30 7） 緊急停止の方法・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・31 8） キャピラリーの電極の洗浄・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・32 9） キャピラリーウインドウの洗浄・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・33 10） キャピラリーウインドウの洗浄状態のチェック・・・・・・・・・・・・・・・・・・35 Chapter 5 データ解析‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐‐（Analysis Module） 1） データを開く・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・37 2） メイン画面・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・39 3） Quality Parameter に関して・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・42 4） Search 機能・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・43 5） Alignment 機能・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・44 6） 編集機能・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・45 7） データの再解析・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・46 8） Trimming・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・48 9） プリントアウト・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・50 9） データの転送・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・51 Chapter 6 データファイルの管理‐‐‐‐‐‐‐（Data Manager） 1） メイン画面・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・54 2） New Database の作成と切り替えと New project の作成・・・・・・・・・55 3） 各データの Export の方法（バックアップの方法）・・・・・・・・・・・・・・・56 4） 各データの Import の方法・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・57 5） DataBase のバックアップとりストアの方法・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・58 CEQ8800 ver7.0-AD Chapter 1 サンプル調整 ここではサンプル調整の流れを簡単に説明します。 なお詳しい内容は別紙ケミストリープロトコールをご覧下さい。 １） 消耗品類に関して ２） DNA サンプル調整 ３） シーケンシング反応 ４） エタノール沈殿 -1- CEQ8800 ─ サンプルの調整 １）消耗品類に関して CEQ8800 は Dye Terminator Cycle Sequencing 法を採用しております。 専用の Dye Terminator を含む消耗品を DTCS Quick Start kit として供給しております。 （弊社より供給される kit） DTCS Quick Start kit （P/N 608120） 96 反応分 -20℃保存 (内訳) ・ DTCS Quick Start Master Mix DNA polymerase , Dye Terminators , dNTP , Reaction Buffer がすべて mix されています。 凍結融解を防ぐ為に小分けをお勧めします。 ・ pUC18 Control Template pUC18(dsDNA , 2685bp , 0.25ug/ul) ・ M13-47 Sequencing Primer 1.6pmol/ul , 24bases , GS 含量 62.5％ , Tm=79.8℃ 5'-d(CGC CAG GGT TTT CCC AGT CAC GAC)-3' ・ Glycogen ・ Sample Loding Solution(SLS) 凍結融解を防ぐ為に小分けをお勧めします。 ・ Mineral Oil （その他必要なもの） ・ 滅菌水 DEPC(dietyl pyrocarbonate)は使用しないで下さい。 ・ 滅菌済みチューブ ・ Thermal Cycler ・ 95％エタノール , 70％エタノール ・ 3M Sodium Acetate(pH 5.2) ・ 100mM Na2-EDTA (pH 8.0) -2- CEQ8800 ─ サンプルの調整 ２）DNA サンプル調整 DNA テンプレートの抽出・精製方法および量は、シーケンス結果に大きな影響を及ぼします。 純度の低いテンプレートはシーケンシング反応を妨害し、またキャピラリーへのインジェクション にも影響する為、シグナルが低く電流値が不安定になる事があります。 電流値に乱れが生じると不規則なピーク間隔やマイグレーションタイムの遅れが見られ、 その結果長いシーケンスを決定する事が困難となります。 シーケンシング反応を行う前にアガロースゲル電気泳動等で DNA テンプレートの量や純度を確認 する事をお勧めします。 （テンプレート量） シーケンシング反応における最適量はプライマーとの比を考慮する為 mol で表示します。 またシーケンシング反応に最適なテンプレート量は DNA のタイプにより異なります。 ds DNA ss DNA 精製 PCR product 50−100 fmol 25−50 fmol 25−100 fmol 各サイズにおける必要量を下表に示します。 トータルテンプレート サイズ （kbp） 0.2 0.3 0.4 0.5 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 8.0 10.0 12.0 14.0 16.0 18.0 20.0 48.5 ng ng ng for 25 fmol for 50 fmol for 100 fmol 6.5 9.8 13 16 33 65 100 130 165 195 260 325 390 455 520 585 650 1500 13 20 26 33 65 130 195 260 325 390 520 650 780 910 1040 1170 1300 1500 3.3 4.9 6.5 8.1 16 33 50 65 80 100 130 165 195 230 260 295 325 790 （注）ssDNA の場合は各値（ng）の 1/2 となります。 なおテンプレート DNA の使用量は 1.5ug を最大値となります。 -3- CEQ8800 ─ サンプルの調整 ３）シーケンシング反応 （プラスミドテンプレートの Pre-heat 処理） プラスミドテンプレートに DTCS Quick Start Master Mix を加える前に DNA テンプレートを滅菌水に 溶解して単独で熱処理を行う事で良好なデータを得る事が出来ます。 ただし PCR product や kit 中の pUC18 に対して Pre-heat を行う必要はありません。 抽出・精製した DNA テンプレート 反応に必要な DNA をシーケンシング反応用チューブに入れて、 滅菌した脱イオン水にて max 10ul に fill up します。 Pre-Heat サーマルサイクラーにて 96℃、1min の加熱を実施 ① Raw データのシグナルが時間と共に急勾配で落ちてしまう場合は、 Pre-heat 温度と時間を 86℃、5min で行うと効果的な場合があります。 ② テンプレート量が適正値で電流値が低い時や不安定な場合は、 Pre-heat 温度と時間を 96℃、3min で行うと効果的な場合があります。 25℃ or 4℃ 直ちに室温(25℃)または氷中（4℃）へ戻す Pre-heat 処理後は直ちに次のステップへ進みます。 シーケンシング反応 DTCS Quick Start Master Mix DNA template + H20 Primer(1.6pmol/ul) 合計 8ul 10ul 2ul 20ul サーマルサイクラーにてシーケンシング反応開始 96℃ 50℃ 60℃ 20sec 20sec 4min 30 サイクル 4℃ -4- CEQ8800 ─ サンプルの調整 ４）エタノール沈殿 microfuge tube Stop Solution １サンプルで５ul 3M NaOAc 2ul + 100mM EDTA 2ul + Glycogen 1ul （注意）用時調整 反応後のサンプル 20ul よく攪拌 冷凍済みの 95％エタノール 60ul 冷凍していなくても大きな問題はありません。 よく攪拌 直ちに遠心を実施 14000rpm 4℃ 15min サンプルプレートを利用している場合は 3000rpm 4℃ 30min 上清はプレートを逆さにして下に紙タオル等を敷いて遠心（300rpm flash） Ppt. （上清を残さないように注意深く吸い取る） 冷凍済みの 70％エタノール 200ul 冷凍していなくても大きな問題はありません。 直ちに遠心を実施 Ppt. 14000rpm 4℃ ペレットを 2 回リンスします。 2min （上清を残さないように注意深く吸い取る） サンプルプレートを利用している場合は 3000rpm 4℃ 5 min リンスは 2 回 上清はプレートを逆さにして下に紙タオル等を敷いて遠心（300rpm flash） Vacuum dry 約 15 分 heat なし 乾燥時間は方法によって異なります。 kit 中の SLS 40ul でサンプルを溶解 SLS に溶解した状態では‐20℃で 1 ヶ月保存可能です。 SLS に溶かしたサンプル全量を CEQ8800 96-well サンプルプレートへ移す バッファープレートには専用のセパレーションバッファーを サンプルを入れたポジションと同じところに 8∼9 滴入れます。 各サンプルに kit 中の mineral oil を 1 滴ずつ添加 CEQ8800 へサンプルプレートをセットしてメソッドをスタート -5- CEQ8800 ─ サンプルの調整 -6- CEQ8800 ─ サンプルの調整 Chapter2 PC と CEQ8800 の起動 ① CEQ8800 と PC の電源を入れます。（どちらが先でも問題ありません。） ② しばらく待つと“press Ctrl+Alt+Del”という表示が出ますので、 Ctrl と Alt と Del を同時に押します。 ③ 続いてパスワードを聞いてきますが、そのまま OK をクリックしてください。 ④ 続いてデスクトップ画面より CEQ8800 のソフトウエアを立ち上げます。 右のアイコンをクリックしてください。 ⑤ CEQ8800 ソフトウエアが立ち上がり以下のようなメインメニューが表示されます。 ⑥ メインメニュー上に表示されている各モジュールは以下のとおりです。 Sample Set UP Run （p9∼） （サンプル名の入力など） Sequence Analysis （p19∼） （CEQ 本体の操作） Data Manager （p35∼） （シーケンスデータの解析） （p51∼） （データファイルの管理） - 7 - CEQ8800 ─PC と CEQ8800 の起動 - 8 - CEQ8800 ─PC と CEQ8800 の起動 Chapter 3 サンプルのセットアップ メインメニューより Sample Set Up Module のアイコンをクリックします。 このプログラムはサンプルデータの入力と泳動条件を設定、 そして泳動を開始させる画面となります。 １） サンプル名の入力 ２） 泳動条件（メソッド）の設定 ３） 泳動条件の編集と登録 ４） 解析条件の設定 ５） バーコードに関して ６） サンプルプレートを保存する ７） 泳動をスタートさせる - 9 - CEQ8800 ─ サンプルのセットアップ １）サンプル名の入力 ① メインメニューより Sample Set Up Module のアイコンをクリックすると、 以下ようなダイアログボックスが立ち上がります。 新しいサンプルシートを作成する時は[Create a new sample plate]を選択して OK をクリックします。 ② 白紙のサンプルシートが立ち上がりますので、サンプルをセットする位置をマウスで選択してサン プル名を入力します。 複数のポジションに同時に名前を入力するには． ．． マウスをドラッグすることで複数のセルを選択し（各列、各行のタブ をクリックすることでその列、行が選択されます。）「Sample name」 のボックスにカーソルを合わせてサンプル名を入力します。 同じサンプル名の場合でも必ずサンプルの名前の後にプレートのポジ ション名が入ります。 - 10 - CEQ8800 ─ サンプルのセットアップ ２）泳動条件の設定 ① 泳動条件を設定するには各列の下にあるドロップダウン メニューより泳動条件を選択します。 ・ シーケンス用のデフォルト条件は LFR-1 となります ・ 泳動条件のカスタマイズと登録に関しては 12 ページ目を 参照して下さい。 ・ Frag-1,-2,-3,-4,SNP-1,Frag-Test はフラグメント解析用の 泳動条件となります。 （図：ドロップダウンメニュー） - 11 - CEQ8800 ─ サンプルのセットアップ ３）泳動条件の編集と登録 CEQ8800 では各泳動条件を必要に応じて編集する事が可能です。 ① 泳動条件を編集するにはまず該当する泳動条件を選択した状態で画面下部の Method のタブをクリ ックします。 ② 続いて EDIT…をクリックします。 ③ 表示されたダイアログボックスより編集したいパラメータを Event より選択します。 ④ パラメータを入力したら Save As…をクリックしメソッドに名前を付けます。この時 default に上 書きしないように必ず名前を付けて下さい。 過剰に DNA テンプレートを反応に使用すると Raw データのピークがレンジをオーバーする事があり ます。また不純物の多い場合は泳動時の電流値が乱れ、結果シーケンスが長く読めない場合があります。 そういった時 Injection の時間を変更して再泳動する事で良好なデータを得る事が出来ます。 なお時間の変更は 5∼30sec の間で変更させると良いでしょう。 - 12 - CEQ8800 ─ サンプルのセットアップ ４）解析条件の設定 CEQ8800 ではデータは自動解析されますが、その他にデータ転送やプリントアウトなどの操作を自動 的に実行させる事が可能です。 解析条件を編集するには画面下部の Analysis のタブをクリックします。 図1 Analysis ① 図2 ② （解析条件の設定） デフォルトでは自動解析の設定をしていませんので、以下の方 法で自動解析の設定を行います。 ① まず解析したいサンプルをマウスにて一括選択します。 ② 図 2 の下部にあるチェックボックス、[Perform Analysis]に チェックを入れます。 ③ [Parameter Set] よ り シ ー ケ ン ス 解 析 を 行 う 場 合 は 、 解析するサンプ Default Sequence Analysis Parameter を選択します。 ルをすべて選択 するように注意 この作業を行わないと生データしか保存されませんので、後から して下さい。 手動にて解析する必要がありますので注意して下さい。 （プリントアウトと Export の設定） ① 自動プリントアウトの設定はサンプルシートより該当サンプ ルを選択した後、図１の①のチェックボックスにチェックを いれます。 ② 自動 Export の設定はサンプルシートより該当サンプルを選 択した後、図１の②のチェックボックスにチェックをいれま す。 ③ 各々の詳しい設定内容は後述の Analysis の説明をお読みくだ さい。 - 13 - CEQ8800 ─ サンプルのセットアップ ５）バーコードに関して CEQ8800 は 96 ウエルプレートを 2 枚処理することが出来ます。またバーコードリーダーを搭載してお り、確実なサンプル管理が可能となっています。Biomek シリーズのリキッドハンドラーによる CEQ サン プル調整も可能です。 サンプルプレートにバーコードを貼り付けて、その番号を上記[Barcode]に記入してください。バー コードの種類は「Code39」「Code128」「Interleaved 2 of 5」 「Codaber」が使用できます。 バーコードは下図のように A1 と H1 の間の側面に番号が読めるように貼り付けてください。貼り付 ける位置はなるべくプレート側面の中心部分の方が良いでしょう。（多少ずれても問題ありません。） A1 H1 - 14 - CEQ8800 ─ サンプルのセットアップ ６）サンプルプレートを保存する ① メニューバーより［File］→［Save As…］を選択します。 ② 表示されたダイアログボックスにサンプルプレート名を入力後、OK をクリックします。 プレート名を入力 - 15 - CEQ8800 ─ サンプルのセットアップ ７）泳動をスタートさせる ① プレートの保存が終了したら［Run Sample Plates］をクリックします。 ここをクリックするとプレートの セットアップが出来ます。 詳しい操作手順は 27∼28 ページを参照して下さい。 プレートをセットした側 プレートをセット には[Plate Loaded]を したら[Load]を 選択します。 クリックしてくださ - 16 - CEQ8800 ─ サンプルのセットアップ ② 右のプレート名を選択する画面が表示されますので、プレートをセットした位置に応じてプレート の名前を選択します。 ③ 各種項目を設定のあとに、START ボタンをクリックして分析を開始します。 ここをクリックすると ゲルの交換が出来ます。 操作方法は 21∼22 ページを 参照して下さい。 プレートをセットしたら ここにチェックを入れます。 分析する順番を決定します。 左右のプレート名 が選択できます。 - 17 - CEQ8800 ─ サンプルのセットアップ - 18 - CEQ8800 ─ サンプルのセットアップ Chapter 4 Run ここではゲルやキャピラリーの交換になど CEQ8800 のコントロールについて説明します。 １） メイン画面 ２） 各種メニューの説明 ３） ゲルカートリッジの交換方法 ４） キャピラリーアレイの交換方法 ５） サンプル・バッファー・ウエッティングトレイの Set Up ６） 分析中のプレートセットアップ及び交換 ７） 緊急停止の方法 ８） キャピラリーアレイの電極の洗浄 ９） キャピラリーアレイのウインドウの洗浄 １０） キャピラリーウインドウの洗浄状態のチェック - 19 - CEQ8800 ─ Run １）メイン画面 CEQ8800 は Run 画面からゲルやキャピラリーの交換、各種プレートのセットを行ったり、 Raw Data や電流値のモニタリングを行う事が出来ます。 各々の画面は、画面中央のタブをクリックすることで切り替えることが出来ます。 １．Data Monitor 画面 ２．Direct Control Raw Data をモニターします。 CEQ8800 をマニュアルで動作させます。 ３．Log ４．Instrument Data CEQ8800 の Log を確認します。 電流値と電圧値をモニターします。 - 20 - CEQ8800 ─ Run ２）各種メニューの説明 CEQ8800 ではリアルタイムで Raw Data や電流値・電圧値のモニタリングや、Run log や エラーメッセージの確認、ゲルやキャピラリーの現在の状況を知る事が出来ます。 この画面 CEQ8800 の現在の状態を表示しています。 Status と Event Type が Idle になっていると CEQ8800 本体の作業が出来るようになります。 また Progress には現在行っている分析の終了時間の目安を表示しています。 この画面では CEQ8800 に取り付けているゲルやキャピラリーの状態を表 示しています。なおランプが赤く点滅している時は使用期限を超過してい る恐れがありますのでご確認をお願いします。 この画面では泳動 この画面ではゲル 中のサンプルの名前 やキャピラリーの有 を確認する事が出来 無といった CEQ 本 ます。 体の状態を確認する 事が出来ます。 この画面では泳動 この画面ではゲル 中のキャピラリーの の残量や使用時間、 電流値を確認する事 キャピラリーの泳動 が出来ます。 回数や使用日時、レ ーザーの使用時間を 確認する事が出来ま す。 - 21 - CEQ8800 ─ Run ３）ゲルカートリッジの交換方法 CEQ8800 専用ゲルカートリッジは 1 本で 96 サンプル（1 プレート）使用できます。 また本体に取り付けた状態で 72 時間（3 日間）累積での使用が可能です。 長期間使用しない場合は冷蔵庫（4℃）で保存して下さい。 その際には CEQ8800 の配管の乾燥を防ぐ為にダミーカートリッジをセットしてください。 （ゲルカートリッジのセット……本体にダミープラグ装着時） ① Run 画面より画面中央の Direct Control のタブをクリックします。 ② 表示された画面右下のゲルカートリッジのアイコンをクリックします。 ③ 下のようなダイアログボックスが表示されたらゲル格納部の蓋を開けて黒いレバーを手前に引っ張 ります。 ④ ゲル格納部からダミーカートリッジを抜き取り、ゲルカートリッジを奥まで差します （この時ゲルカートリッジに付いていたゴムキャップはダミーカートリッジに付けると良いでしょう。） ⑤ 黒いレバーを元に戻してゲル格納部の蓋を閉じます。 ⑥ ダイアログボックスにゲルカートリッジの Lot number と Hours on instrument を入力します。 ⑦ Done をクリックしたらゲルカートリッジのセット完了です。 - 22 - CEQ8800 ─ Run （ゲルカートリッジの交換……本体にゲルカートリッジ装着時） ① Run 画面より画面中央の Direct Control のタブをクリックした後、ゲルカートリッジのアイコンを クリックします。 ② ダイアログボックスが表示されたら OK をクリックし、画面が切り替わるまで数十秒待ちます。 ③ 表示されたダイアログボックスから Install Cartridge をクリックします。 しばらく待つと Install Cartridge をクリック ④ 画面が切り替わったらゲル格納部から古いゲルカートリッジを取り外し、新しいゲルカートリッジ を装着します。 ⑤ ダイアログボックスにゲルカートリッジの Lot number と Hours on instrument を入力します。 ⑥ Done をクリックしたらゲルカートリッジのセット完了です。 （ダミーカートリッジのセット） ① Run 画面より画面中央の Direct Control のタブをクリックした後、ゲルカートリッジのアイコンを クリックします。 ② ダイアログボックスが表示されたら OK をクリックし、画面が切り替わるまで数十秒待ちます しばらく待つと ③ 画面が切り替わったらゲル格納部からゲルカートリッジを取り外し、ダミーカートリッジを装着し ます。 ④ 表示されたダイアログボックスから Installed Plug をクリックします。 - 23 - CEQ8800 ─ Run ４）キャピラリーアレイの交換方法 CEQ8800 専用キャピラリーアレイは 1 ユニットで 100Run（800 サンプル）使用できます。 また本体に取り付けた状態で 1 ヶ月連続使用が可能です。 長期間使用しない場合は冷蔵庫（4℃）での保存をお勧め致します。 その際には CEQ8800 の配管の乾燥を防ぐ為に Manifold plug（ダミープラグ）をセットする必要が あります。ここではこれら一連の操作方法について説明します。 （キャピラリーアレイのセット……本体にマニフォルドプラグ装着時） ① Run 画面より画面中央の Direct control のタブをクリックします。 ② 中央表示された画面中央のキャピラリーアレイのアイコンをクリックします。 ③ 数十秒待つとダイアログボックスが現れますので、 OK をクリックします。 クリックして しばらく待つと ④ CEQ8800 の準備が出来ましたのでキャピラリーアレイのセットを始めます。 （下記の画面が表示されますが、この時点で Done はクリックしないで下さい。） - 24 - CEQ8800 ─ Run ⑤ まず Sample Access Cover と Capillary Access Cover を開けます ⑥ 続いて Capillary Temperature Control Cover を開けます。 ⑦ 続けて Manifold Access Cover を取り外し、Eject Lever を手前に引っ張ります。 ⑧ Front Plenum を取り外したら Manifold plug をゆっくりと取り外します。 ⑨ 続けて新しいキャピラリーをセットします。この時 Array Fitting が奥にあたるまで突き刺します。 ⑩ キャピラリーをセットしたらすべてのカバーを⑦→⑥→⑤→④→③の順に閉じます。 ⑪ 以上の操作が終わりましたら、表示されているダイアログボックスに Number of Runs、Days on instrument を入力して Done をクリックすればセット完了です。 （注意） 以上の作業は１５分以内に行って下さい。 シーケンスデータに悪影響を及ぼす事があります。 Sample Access Cover と Capillary Access Cover Capillary Temperature Control Cover Front Plenum Manifold Access Cover Eject Lever Array Fitting Manifold plug - 25 - CEQ8800 ─ Run （キャピラリーアレイの交換……本体にキャピラリーアレイ装着時） ① Run 画面より画面中央の Direct control のタブをクリックします。 ② 中央表示された画面中央のキャピラリーアレイのアイコンをクリックします。 ③ ダイアログボックスが表示されたら OK をクリックします。 ④ 数十秒待つと画面が下記のように切り替わりますので、キャピラリーを取り外します。 しばらく待つと ⑤ まず Sample Access Cover と Capillary Access Cover を開けます ⑥ 続いて Capillary Temperature Control Cover を開けます。 ⑦ 続けて Manifold Access Cover を取り外し、Eject Lever を手前に引っ張ります。 ⑧ Front Plenum を取り外したらキャピラリーアレイをゆっくりと取り外します。 ⑨ 続けて新しいキャピラリーをセットします。この時 Array Fitting が奥にあたるまで突き刺します。 ⑩ キャピラリーをセットしたらすべてのカバーを⑦→⑥→⑤→④→③の順に閉じます。 ⑪ 以上の操作が終わりましたら、表示されているダイアログボックスから replace capillary array を 選択して OK をクリックします。 ⑫ 表示されたダイアログボックスに Number of Runs、Days on instrument を入力して Done をク リックすればセット完了です。 （注意） 以上の作業は１５分以内に行っ て下さい。シーケンスデータに悪影 響を及ぼす事があります。 なお部品名等の確認は「キャピラ リーアレイのセット」の説明部分を 参考に下さい。 - 26 - CEQ8800 ─ Run （manifold Plug のセット……キャピラリーアレイの取り外し） ① Run 画面より画面中央の Direct control のタブをクリックします。 ② 中央表示された画面中央のキャピラリーアレイのアイコンをクリックします。 ③ ダイアログボックスが表示されたら OK をクリックします。 ④ 数十秒待つと画面が下記のように切り替わりますので、キャピラリーを取り外します。 ⑤ ず Sample Access Cover と Capillary Access Cover を開けます ⑥ 続いて Capillary Temperature Control Cover を開けます。 ⑦ 続けて Manifold Access Cover を取り外し、Eject Lever を手前に引っ張ります。 ⑧ Front Plenum を取り外したらキャピラリーアレイをゆっくりと取り外します。 ⑨ 続けて manifold Plug をセットします。この時 manifold Plug が奥にあたるまで突き刺します。 ⑩ キャピラリーをセットしたらすべてのカバーを⑦→⑥→⑤→④→③の順に閉じます。 ⑪ 以上の操作が終わりましたら、表示されているダイアログボックスから Install manifold Plug を選 択して OK をクリックします。 ⑫ 以上でキャピラリーの取り外しは終了です。 ⑬ 取り外したキャピラリーは納品時についてくるゴム キャップに蒸留水を入れて蓋をし、冷蔵庫で保存して ください。 （注意） 以上の作業は１５分以内に行って下さい。 シーケンスデータに悪影響を及ぼす事があります。 なお部品名等の確認は「キャピラリーアレイのセット」 の説明部分を参考に下さい。 - 27 - CEQ8800 ─ Run ５）サンプル・バッファ・ウエッティングトレイの Set Up サンプル、バッファー、ウエッティングトレイの Set up は泳動開始直前に行う事が出来ますが、 一連の作業は Run 画面の Direct control より前もって行う事が出来ます。 ここでは一連の作業の解説を行います。 ① Run 画面より画面中央の Direct control のタブをクリックします。 ② 画面中央下の Access Plates をクリックし、ダイアログボックスが表示されたら Start をクリック します。 ③ ダイアログボックスが表示されましたら Sample Access Cover を開けます。 プレートをセットアップしたら セットアップした方に 必ずチェックを入れること ④ 手前からバッファー、ウエッティング、サンプルトレイになります。 （下図参照） ⑤ 必要なトレイを交換又はセットして下さい。 ⑥ なおウエッティングトレイにはキャピラリーアレイの乾燥を防ぐ為に蒸留水を入れています。 分析時にはウエッティングトレイを洗浄して新しい蒸留水を 8 分目程度入れる事をお勧めします。 ⑦ 蒸留水が乾燥してしまいますとキャピラリーの損傷の原因になってしまいます。注意して下さい。 ⑧ 作業が終了しましたら Sample Access Cover を閉め、ダイアログボックス中の Load をクリックし ます。以上で各種プレートのセットは完了です。 - 28 - CEQ8800 ─ Run （注意１） 以上の作業は１５分以内に行って下さい。シーケンスデータに悪影響を及ぼす事があります。 ウエッティングトレイ サンプルプレート バッファプレートの蓋 バッファプレート 本体前面 （注意２） バーコードは下図のように A1 と H1 の間の側面に番号が読めるように貼り付けてください。貼り付 ける位置はなるべくプレート側面の中心部分の方が良いでしょう。（多少ずれても問題ありません。） A1 H1 - 29 - CEQ8800 ─ Run ６）分析中でのプレートセットアップ及び交換 CEQ8800 での分析中に 2 枚目のプレートをセットする事が出来ます。 以下その方法に関して説明いたします。 ① 分析中に Run 画面の[RUN]より[Pause to load]を選択します。 ② 以下のような画面[Pause To Load Plates]が表示されますので、目的に合わせて設定します。 ③ 設定終了後、OK をクリックしてください。 分析の一時停止 ・Load plate after current sample set 現在の分析(レーン)が終了しだい、別のプレートのセットアップを行います。 ・Stop current sample set now to load plate 現在の分析(レーン)を直ちにストップして、別のプレートのセットアップを行います。 なお再スタートすると次のレーンもしくは別のプレートから分析が始まります。 ・Stop current sample plate now to load plate 現在の分析(プレート)を直ちにストップして、別のプレートのセットアップを行います。 なお現在分析中のプレートの情報（サンプルの名前など）は消去されます。 ・Save Collected Data データの解析と保存を行います。 ・Perform Shutdown Method 分析の終了時にキャピラリーの洗浄などの操作を行います。 ・Modify Wait Time プレートを交換できる時間 - 30 - CEQ8800 ─ Run ④ OK をクリックすると以下の画面[Access Plates]が表示されますので Start をクリックします。 ⑤ [Capillaries Exposed]という画面が表示されますので、プレートをセットアップしたら Load をク リックしてください。[Sample Plate Run Confirmation]という画面が表示されます。 ⑥ プレートにバーコードを貼り付けていると自動的に[Sample Plate Name]が表示されます。バーコー ドを貼り付けていないときは手動で選択してください。 ⑦ 現在分析中のプレートに新たにサンプルを加えたときは、View/Edit this sample…をクリックして サンプルシートの変更を行ってください。 ⑧ すべての設定が完了したら Start をクリックして分析再開です。 プレートをセットしたら 分析を行うプレートの 必ずチェックする事 順番 サンプルシートのエディット - 31 - ゲルの交換 CEQ8800 ─ Run ７）緊急停止 CEQ8800 での分析中にソフトウエア的に緊急停止をする事が可能です。 以下その方法に関して説明いたします。 ① サンプルの分析中に RUN 画面の上部にあるストップボタンをクリックします。 ② すると下のような画面（Stop System）が表示されます。 ③ 現在行っている分析を止めてしまいたい時は｢Stop Sample Plate｣と[All Plate]u を選択して下さ い。その際データの保存などを行いたい場合は｢Save Collected Data｣と｢Perform Shutdown Method｣ にチェックを入れて OK をクリックしてください。今すぐ止めたいときは両方ともチェックをはずし て OK をクリックしてください。 ④ その他の設定は以下を参照して下さい。 ・Stop sample plate 現在の分析(プレート)を完全にストップします。 ・Skip current sample set 現在の分析(レーン)をストップして、次の分析(レーン)に移行します。 ・Stop after current sample set completes 現在の分析(レーン)が終了次第その分析(プレート)を終了します。 ・All Plate 2 枚のプレートに対する設定です。 ・Save Collected Data データの解析と保存を行います。 ・Perform Shutdown Method 分析の終了時にキャピラリーの洗浄などの操作を行います。 - 32 - CEQ8800 ─ Run ８）キャピラリーアレイの電極の洗浄 CEQ8800 の通常のメンテナンスとしてキャピラリーアレイの電極の洗浄があります。 長期間使用することによりキャピラリーアレイの電極にゲルの結晶が溜まり、シーケンスデータに影響 を与えてしまう事があります。ここではキャピラリーアレイの電極の洗浄について説明を行います。 キャピラリーアレイの電極の洗浄 ① un 画面よりキャピラリーを取り外す動作を実施します。 （キャピラリーアレイの交換方法の説明部分を参考にして下さい。） ② キャピラリーを取り外したら下図のようにキャピラリーアレイの電極洗浄を行います。 この部分を水道水にて洗い流 して、キムワイプなどで水滴を 吸い取って下さい。 ダスターなどで水滴を吹飛ば しても OK です。 水滴が残っていると故障の原 因になりえますので注意して 下さい。 ③ 新規購入されたキャピラリーの電極部分にゲルの結晶が付着している事がありますので使用前に洗 浄する事をお勧めいたします。また長期間使用してなかった場合も使用前に洗浄する事をお勧めし ます。 ④ なお洗浄の目安は電極部分を目視して、白い結晶が付着しているようでしたら行ってください。 （注意） 以上の作業はキャピラリーを冷蔵庫から取り出して CEQ8800 に取り付ける際に実施しても効果的です。 - 33 - CEQ8800 ─ Run ９）キャピラリーアレイのウインドウの洗浄 CEQ8800 の通常のメンテナンスとしてキャピラリーアレイのウインドウの洗浄があります。 長期間使用することによりキャピラリーアレイのウインドウが汚れシーケンスデータに影響を与えて しまう事があります。ここではキャピラリーアレイのウインドウの洗浄について説明を行います。 キャピラリーアレイのウインドウの洗浄 ⑤ Run 画面よりキャピラリーを取り外す動作を実施します。 （キャピラリーアレイの交換方法の説明部分を参考にして下さい。） ⑥ キャピラリーを取り外したら下図のようにキャピラリーアレイウインドウの洗浄を行います。 綿棒で一定方向に拭きます。 ⑦ ウインドウ部分を蒸留水で湿らした専用の綿棒で一定方向に表裏とも拭きます。 ⑧ 続いて乾いた綿棒で乾拭きし、最後にダスターで埃や水を吹き飛ばせば洗浄終了です。 ⑨ 続いて右のようなダイアログボックスが表示されていますので、Clean capillaries を選択して OK をクリックすればセット完了です。 （注意） 以上の作業はキャピラリーを冷蔵庫から取り出して CEQ8800 に取り付ける際に実施しても効果的です。 - 34 - CEQ8800 ─ Run １０）キャピラリーウインドウの洗浄状態のチェック キャピラリーアレイのウインドウの洗浄を行った後で、以下の作業を行う事によりキャピラリーウイ ンドウの状態のチェックをする事が出来ます。 （アライメントの調整） ① Direct control 画面で中央右側のキャピラリーウインドウの絵をクリックします。 ② Optical alignment のダイアログボックスが表示されたら Align をクリックします。 ③ 続いて Run 画面より画面中央の Instrument Data のタブをクリック します。 ④ 画面中央を右クリックし Display option が表示されたら Current Traces のタブをクリックし Scan を選択し OK をクリックします。 ⑤ 下の図のように赤と青の大きなピークが８本づつある事を確認しま す。（ピークは揃っていなくても問題ありません。） ⑥ この作業は２分ほど掛ります。終了しだい Baseline のモニターを行います。 ⑦ もしエラーメッセージが出たらキャピラリーウインドウの洗浄をもう一度行って下さい。 - 35 - CEQ8800 ─ Run （Baseline の測定） ① メニューバーより［Run］→［Monitor Baseline］を選択します。 ② ダイアログボックスの Enable Monitor Baseline をチェックし OK をクリックします。 ③ Run 画面より画面中央の Data Monitor のタブをクリックします。 ④ A∼H の８本のキャピラリーのベースラインの Activity がおおむね 5000 以下である事を確認します。 A∼H まで 順番にクリック して確認します。 ⑤ 再びメニューバーより［Run］→［Monitor Baseline］を選択します。 ⑥ 今度はダイアログボックスの Enable Monitor Baseline のチェックを外し OK をクリックします。 ⑦ 以上で Baseline の測定の終了です。 ⑧ 測定したベースラインが高すぎるの場合はキャピラリーウインドウの洗浄をもう一度行って下さい。 ⑨ その後ベースラインの測定を行いおおむね 5,000 以下である事を確認してください。 - 36 - CEQ8800 ─ Run Chapter 5 データ解析 メインメニューより Analysis Module のアイコンをクリックします。 このプログラムはシーケンスデータの解析を行う事が出来ます。 １） データを開く ２） メイン画面 ３） Quality Parameter に関して ４） Search 機能 ５） alignment 機能 ６） 編集機能 ７） データの再解析 ８） プリントアウト ９） データの転送 - 37 - CEQ8800 ─ データ解析 - 38 - CEQ8800 ─ データ解析 １）データを開く ① メインメニューより Analysis Module のアイコンをクリックします。 ② 初期画面が立ち上がりましたらメニューバーより［File］→［Open］を選択します。 ③ ダ イ ア ロ グ ボ ッ ク ス か ら 「 Sample Plate Results 」 も し く は 「Sequence Results」のタブをクリックします。 Sample Plate Results から開く サンプルプレートの名前とその位置からデータを開く事が出来ます。 ① サンプルプレートの名前を選択し OK をクリックすると「Sample Plate のダイアログボックスが表示されます。目的のデータ（位置） をクリックした後、Open をクリックします。 開きたいデータをクリック Sequence Results から開く サンプルセットアップ画面で入力したサンプル名を選択して OK をクリックします。 ファイルが多すぎて見つけにくい場合は．． ．． ． Open のダイアログボックスから Enable にチェッ クを入れ、Start Date と End Date に目的の日付を 入力する事で開きたいデータを絞る事が出来ます。 - 39 - CEQ8800 ─ データ解析 ２）メイン画面 Trimming の反映 (シーケンス) プリントアウト Trimming の反映 再解析 (クオリティー) Analyzed Data 解析結果を波形で表示 Base Sequence 解析結果をテキスト形式 にて表示 Raw Data 生データの表示 Current 電流値の表示 Voltage 電圧値の表示 Compare Tab データの並び合わせ Quality Parameters ベースコールのクオリティー の表示 Raw Data は通常 20 分前後に未反応 Dye のピークが検出され、そのピーク のＹ軸のスケールが 100000 万前後に なります。（エタノール沈殿の場合） 電流値は泳動開始後 5 分で最大まで上がり、 約 6∼9uA 程流れます。サンプルの濃度が適 正でない場合や何らかの不純物が含まれてい ると抵抗が変わり、電流値が乱れます。 電流値が乱れると未反応 Dye のピークの検 出時間が遅れ、シーケンスが長く読めません。 - 40 - CEQ8800 ─ データ解析 Trimming Trimming (シーケンス) Zoom Mode (クオリティー) Base Sequence (search) Alignment サンプルプレート - 41 - Edit Mode Zoom Option ベース間隔 CEQ8800 ─ データ解析 ３）Quality Parameter について CEQ8800 の解析ソフトでは、コールされた塩基の正確さをパラメータ表示する事が出来ます。 ① Call Score (0.00 ∼ 1.00) 下記１∼３のパラメータに基づいています。 ② Quality Value (0.00 ∼ 1.00) 下記１∼４のパラメータに基づいています。 1. 7 つのピーク間におけるピーク間隔の最大値と最小値の比 2. ピークの分離能 3. 7 つのピーク間における未決定のピークと決定されたピークとの比 4. 3 つのピーク間における未決定のピークと決定されたピークとの比 CEQ8800 の解析ソフトでは Call Score が 0.60 以下になると「N」と表示されます。 なおこの「N」を決定する Call Score の値は変更する事が可能です。（データの再解析を参照） （手順） ① 目的のデータを開いたら、画面中央左側にある Quality Parameters のアイコンをクリックすると 波形画面の下側に Call Score が表示されます。 - 42 - CEQ8800 ─ データ解析 ４）Search 機能 CEQ8800 の解析ソフトでは、コールされた塩基から目的の部位を簡単に探すことが出来ます。 （手順） ① 目的のデータを開いたら画面上部にある search のアイコンをクリックします。 ② ダイアログボックス「Base Sequence」の「Search」に探したい部位の塩基配列をキーボードから入 力し＜（あるいは＞）をクリックするとその部位をさがします。 Search 目的の塩基配列を 赤い線で囲ってい ます。 目的の配列を入力 Raw データでの ピークの検出時 間等を表示 ダイアログボックス「Search」 各々の塩基の Call Score を表示 - 43 - CEQ8800 ─ データ解析 ５）alignment について ② CEQ8800 では分析したデータと既知のデータとの alignment を行うことが出来ます。 （手順） ① alignment したいデータを開いたら、メニューバーより ［Analysis］→［alignment template］を選択します。 ② 表示されたダイアログボックス「Working Parameter..」 より「Edit」をクリックします。 ③ 表示されたパネル上（alignment template）の Reference File にチェックを入れます。 ④ 「Browse」よりテンプレートファイルを選択して「OK」をクリックします。 ⑤ 「Working parameter−」より「OK」をクリックするとアライメント結果が表示されます。 ② ③ ④ ファイルのタイプを選択 - 44 - CEQ8800 ─ データ解析 ６）編集機能 CEQ8800 ではコールされた塩基を必要に応じて編集することが出来ます。 なお編集機能を用いて編集した塩基は小文字にて表記されます。 ① 目的のデータを開いたら画面上部にある Editのアイコン をクリックします。 するとマウスが以下の図のように変化します。 ② コールされた塩基を変更する場合（Change） 波形画面上の変更したい塩基をマウスで クリックします。 表示されたダイアログボックスの中から 目的の塩基を選択し OK をクリックします。 ③ インストールされてない塩基を挿入する場合（Insert） 波形画面上の挿入したい場所にマウスを置きクリックします。 表示されたダイアログボックスの中から目的の塩基を選択し OK をクリックします。 ④ コールされた塩基を消去する場合（Delete） テキストデータ上の消去した塩基をマウスで選択したあと、キーボードより Delete キーで消去します。 - 45 - CEQ8800 ─ データ解析 ７）データの再解析 CEQ8800 ではデータの自動解析を行っていますが、うまく解析できない場合もあります。 その場合解析タイムを手動で設定して再解析を行うことでうまく解析出来る場合があります。 （手順） ① 目的のデータを開いたら画面上部にある analyze のアイコンをクリックします。 ② 表示されたダイアログボックス「Working Parameter..」より「Edit」をクリックします。 Call Score を入力 PCR 産物 200base 以下の PCR 産物 解析の開始時間と 終了時間 ③ 表示されたダイアログボックス「Working Parameter..」上のパラメータを入力し OK をクリックし、 続いて表示されたダイアログボックスの OK をクリックします。 Sequence Analysis Parameters Call Threshold ：0.6 だと 60％の正確性を割ると N と表示します。 0.0∼1.0(0％∼100％)が入力範囲です。 Analysis Start / Stop ：解析させる範囲のスタートとストップの時間を設定 PCR Product ：泳動時間内でピークが出きってしまう PCR 産物の解析 <200 Bases ：200base 以下のサンプルを解析する場合 Pre-peak Reduction ：連続配列で現れる特異的なピークを補正します。 - 46 - CEQ8800 ─ データ解析 解析スタートタイムの設定 CEQ8800 では通常未反応の Dye のピークは 20 分前後に出てきます。 そこで解析スタートタイムは未反応の Dye のピークが検出された後のピーク間の谷間を目安に設 定することをお勧めします。 スタートタイム の一例 未反応 Dye のピーク Table ： IUB Ambiguity Codes Code A C G T R Y K M S W B D H V N Definition Adenine Cytosine Guanine Thymine AG CT GT AC GC AT CGT AGT ACT ACT ACGT - 47 - Mnemonic A C G T puRine pYrimidine Keto aMino Strong 3H Bonds Weak 2H Bonds Not A Not C Not G Not T aNyting CEQ8800 ─ データ解析 ８）Trimming A B C D （Quality Based Trimming） 解析データのクオリティー評価を行い、クオリティーの低い配列データをテキストデータからカット します。この作業をすることで、ブラストサーチなどの精度を上げる事が出来ます。 ① メニューバーより C をクリックします。 ② 表示されたダイアログボックスより Edit をクリックします。 （Trimming Stringency） Low∼High まで 5 段階あり、 それぞれエラー率 0.07∼0.05 に相当します。 ③ [Ends To Be Trimmed]と[Trimming Stringency]を設定し OK をクリックして、もう一度 OK をク リックします。 ④ 波形データとテキストデータに上記で設定したエラー率に応じて取り消し線が表示されます。 ⑤ メニューバーより A をクリックすると結果が反映されます。 - 48 - CEQ8800 ─ データ解析 （Sequence Based Trimming） 指定したテキストファイルとのアライメントを行い、Vector 配列などブラストサーチを行う上で不必 要となる配列をカットします。 ① ニューバーより D をクリックします。 ② 表示されたダイアログボックスより Edit をクリックします。 E Max. # of Vector… Min. Substring…基本となる最小の配列の長さ。 Enable Internal…複数の配列情報を認識します。 Distance From…Trimming に影響されない部位。 ③ [Perform Sequence-based Trimming]にチェックをいれ、各項目の設定を行います。 ④ E をクリックして fasta ファイルを選択し OK をクリックして、もう一度 OK をクリックします。 ⑤ 波形データとテキストデータに上記で設定した配列が×で表示されます。 ⑥ メニューバーより B をクリックすると結果が反映されます。 Fasta とは Fasta とは>で始まる行に配列の名前を記載し、 次の行から実際の配列情報を記載する形式です。 複数の配列情報を記載する場合は改行したのち に再び>に続けて次の情報を記載していきます。 （例） >hind iii AAGCTT ←配列の名前 ←配列情報 > paeⅠ GCATGC >SDAI CCTGCAGG - 49 - CEQ8800 ─ データ解析 ９）データの転送 CEQ8800 では必要に応じて波形データやテキストデータを変換して、他のソフトウエアで読むことが出 来ます。またデータの転送は Data Manager でも行うことが出来ます。（p.45 参照） ① 転送したいデータを開き、メニューバーより[File]→[Export]を選択します。 ② 「Save in」より転送先を、「Save as types」からファイル形式を選択します。 ③ 続いて「Sample Elements」より転送するデータタイプを選択します。 ④ ダイアログボックス上の Export をクリックします。 Save as type について SCF 波形データを含む形式 Text すべてのデータをテキスト形式にて表示 SEQ 塩基配列をテキスト形式で表示 データのタイプ（Sample Elements） ファイル形式によって転送できるデータのタイプには制限がありますので、クリアになっている項目より選択 しチェックを入れてください。CEQ8800 解析ソフトは scf 形式で転送した Analyzed Data を開くことが出来ます。 この場合に表示されるデータは波形のデータとテキストデータとなります。 なおプリントアウトも同じデータのタイプを使用しています。 Raw Data Raw Data や Current など Result Data 波形データ Result Output テキスト形式のデータ - 50 - CEQ8800 ─ データ解析 １０）プリントアウト （書式の決定） ① メニューバーより「File」→「Report Format…」よりを選択します。 ② 表示されたダイアログボックス「Report Format」よりプリントアウトする項目やプリント用紙の 選択を行います。 ③ 各項目の詳細なパラメータは Options…のボタンをクリックし、表示されたダイアログボックス 「Option」で設定することができます。 ④ すべての設定が終了したら OK をクリックします。 Sample Elements Result Data 波形データ Result Output シーケンスのテキストデータ Sequence Analysis Result Data Panes Per Page 波形データを表示する際の 1 ページの段落 Approx Bases Per Pane 1 段に表示させる塩基配列(波形)の数 Auto Scale のチェックを外して Min を 0、 max を 3.5∼4.0 ぐらいにすると綺麗に print out します。 - 51 - CEQ8800 ─ データ解析 - 52 - CEQ8800 ─ データ解析 Chapter 6 Data Manager メインメニューより Data Manager Module のアイコンをクリックします。 ここでは CEQ8800 のデータ管理に関して説明を行います。 １） メイン画面 ２） New Database の作成と切り替えと New Project の作成 ３） 各データの Export の方法（バックアップの方法） ４） 各データの Import の方法 ５） データベールファイルのバックアップとリストア - 53 - CEQ8800 ─ Data Manager １）メイン画面 CEQ8800 では以下の Data Manager のメイン画面で、データの管理を行うことが出来ます。 CEQ8800 のデータはデータベースファイル（*.MDB ファイル）の中のフォルダーの中に各種データ別に 保存されています。 ① Filter Sets ： フラグメント解析用のパラメータデータ ② Fragment Analysis Parameters ： フラグメント解析用のパラメータデータ ③ Fragment Results ： フラグメント解析の結果 ④ Methods ： 泳動条件 ⑤ Optical Scan Data ： オプティカルアライメントを測定したときのデータ ⑥ Sample Data ： Raw Data、電流値、電圧値の測定結果 ⑦ Sample Plates ： サンプルプレートのデータ ⑧ Sample Plates Results ： 解析データ呼び出し用のデータ ⑨ Sequence Analysis Parameters ： シークエンス解析用のパラメータデータ ⑩ Sequence Results ： シークエンスの解析データ ⑪ SNP Locus Tags ： SNPs 解析用の Locus のデータ ⑫ Standards ： フラグメント解析用のスタンダードサンプルのデータ ⑬ STR Locus Tags ： STR 解析用の Locus のデータ シークエンスとフラグメントの解析データは 1 サンプルあたり 300Kb ほどのデータになります。 500MB の容量を越えると警告が出ますので、次ページ以降の説明のようにデータベースの切り替えをお 勧めいたします。 - 54 - CEQ8800 ─ Data Manager ２）New Database の作成ときりかえと New project の作成 CEQ8800 では分析者や研究室ごとにそれぞれが独立したデータベースや、フォルダーを作成してデー タを保存することが出来ます。 （Database の作成） １．メニューバーより［File］→［New Database］を選択します。 ２．ダイアログボックス“New Database”上で名前を入力し OK をクリックします。 ３．以上の操作で新しいデータベースの作成が終了しました。 （Database の切り替え） 以上の方法で Data base を作成してもすぐに使用する事は出来ません。 作成した Data base を切り替える作業が必要となります。 １．Data Manager 以外のプログラムをすべて終了します。 ２． 使用したい Database を選択します。 ３． メニューバーより［File］→［Set as Working Database］を選択します。 ４．以上の操作で Database の切り替えが終了しました。 （New project の作成） １．Data Manager 以外のプログラムをすべて終了します ２．使用したい Database に切り替えます。 ３．メニューバーより［File］→［New］を選択します。 ４．ダイアログボックス上に名前を入力し OK をクリックします。 ５．以上で New project の作成が終了しました。 - 55 - CEQ8800 ─ Data Manager ３）各データの Export の方法（バックアップの方法） 分析後の自動 Export や Analysis 画面からの Export もありますが、Data Manager から一括して Export する方法も便利ですのでここではこの方法を説明します。また Export の機能を各サンプルのデータを バックアップに利用する事が出来ます。 １． まず Data Manager を起動してデータベースファイルを開きます。 ２． 続いて Sequence Results もしくは Fragment Results の中から Export したいデータを選択します。 ３． 選択した状態で右クリックして表示されたメニューの中から“Export…”を選択します。 “Sample Elements”から Export したいデータを選択しま ４． “Save as types”からファイル形式を、 す ５．バックアップを取る場合は“Save as types”を SCF（ver3.00）（*.scf）にする事をお勧めします。 このデータは Analysis 画面より Import の機能を用いることでバックアップしたデータを開く事が 出来ます。 ６．“Save in”から Export 先を選択して Export をクリックすると作業完了です。 - 56 - CEQ8800 ─ Data Manager ４）各データの Import の方法 2 の方法で SCF（ver3.00）（*.scf）に Export したデータは Analysis Module より Import の機能を使 用してデータを開くことができます。 なお Analysis Module の説明は 31 ページからを参照して下さい。 １．まず Analysis を起動してメニューバーより［File］→［Import］を選択します。 ２．“Look in”より開きたいデータを選択し Open をクリックします。 - 57 - CEQ8800 ─ Data Manager ５）Database のバックアップとリストアの方法 ハードディスクのクラッシュなどに備えて使用していないデータベースを CD-R などに保存すること をお勧めしています。 (バックアップの方法) ① バックアップを取りたいデータベースを選択して、[Tools]→[Shrink Database]を選択します。 ② 続いてバックアップを取りたいデータベースを選択した状態で、[Tools]→[Backup]を選択します。 ③ Backup Database が開きますので、保存場所や名前を付けて Save をクリックします。 ④ 必要に応じて CD-R に保存すれば作業完了です。 (リストアの方法) バックアップを取って、CEQ8800 のソフトウエア上から削除したデータベースをリストアする方法です。 ① リストアしたバックアップファイルを D:¥CEQ System¥Dbase に移動します。 ② データマネージャーより[Tools]→[Backup]を選択します。 ③ Restore Database が開きますので、先ほど移動させたファイルを選択します。 ④ Restore をクリックすれば作業完了です。 - 58 - CEQ8800 ─ Data Manager ベックマン･コールター株式会社 本社 〒105-0001 お客様専用 e-mail 東京都江東区有明 TOC ウエストタワー13F 0120-82-6777 [email protected] Tel 03-6745-4704 Fax 03-5530-8645 URL http://www.beckmancoulter.co.jp No. L - 0015 - A 0709
© Copyright 2025 ExpyDoc
