蛋白質機能予測学講座（土居・土井グループ）１
相互作用ネットワークの情報生命科学研究
土居洋文、土井晃一
三森智裕、Fation Sevrani
研究テーマ：
ゲノム情報・蛋白質アミノ酸配列や文献情報などをベースに、情報科学的解析を行い、
蛋白質機能の予測手法の研究開発および蛋白質機能の予測を行う
５年間の研究目標と内容
① 生物・医学文献からの情報の自動抽出と構造化
② 各生物固有の分子ネットワークの可能性について
探る
③ 計算機による蛋白質相互作用の予測
連絡先 部屋A-504 メール[email protected]
説明会：４月９日 １０：３０から, 4月22日 16:00から
① 生物・医学文献からの情報の
自動抽出と構造化
対象: PubMed/E. coli
最終目標
全情報を抽出・構造化（DB化）
意味論の構築(多項関係・時間関係・様相)
中間目標(方法論の構築)
蛋白質のbind情報の抽出
専門用語の同定と抽出
Bindの意味論の構築
使用する方法論
IR (Information Retrieval)
NLP (Natural Language Processing)
SVM (Support Vector Machine)
② 各生物固有の分子ネットワークの
可能性について探る
対象: 大腸菌、枯草菌、耐熱菌など
最終目標
菌類の各生物に固有の分子ネットワークを解明
方法論
一般的な生化学反応のための配列モチーフと、それと
概念的に反する各生物の特性を決める配列をゲノム情報
から抽出し、各生物に固有の分子ネットワークを解明

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